1.1 Introduction et épidémiologie

1.1.1 Définition

Le choléra est une toxi-infection digestive aiguë, très contagieuse, due aux bactéries Vibrio cholerae O1 et O139. Dans sa forme sévère, le choléra se présente comme une diarrhée aqueuse très abondante, d’installation brutale, pouvant provoquer rapidement une déshydratation et le décès du malade.

1.1.2 Fréquence et distribution

Des cas de choléra surviennent dans toutes les régions du monde mais de nombreux pays, y compris des pays très endémiques, ne déclarent pas de cas à l’Organisation mondiale de la Santé (OMS). Toutefois, l’OMS estime que 1,3 à 4 millions de cas de choléra et 21 000 à 143 000 décès dus au choléra surviennent chaque année dans le monde1.

En 2015, les cas de choléra déclarés à l’OMS se répartissaient de la façon suivante : 40% pour l’Afrique (contre 93 à 98% entre 2001 et 2009), 38% pour l’Asie, 21% pour l’Amérique (essentiellement à Haïti, en République dominicaine et à Cuba)2. La réduction de la proportion des cas africains depuis 2010 est la conséquence de l’apparition spectaculaire du choléra dans la région des Caraïbes la même année. Entre le début de l’épidémie en octobre 2010 et la fin de l’année 2016, presque 800 000 cas et plus de 9400 décès ont été enregistrés à Haïti3.

L’Amérique latine a été touchée par plusieurs épidémies importantes au cours des années 1990. Les cas déclarés en Europe sont presque tous des cas importés.

1.1.3 Agent pathogène

Caractéristiques

Vibrio cholerae est un bacille Gram négatif, mobile, en forme de bâtonnet incurvé, non invasif, qui produit une toxine responsable de la diarrhée abondante caractéristique du choléra.

Vibrio cholerae peut survivre une ou deux semaines dans de l’eau, plusieurs jours dans de la nourriture alcaline humide (riz, pâtes, céréales, œufs, p.ex.) à température ambiante et encore plus longtemps si la nourriture est réfrigérée ou congelée4. Par contre, il ne survit pas à la sécheresse ou en milieu acide5. Il est entièrement détruit par l’ébullition.
Le chlore est efficace contre Vibrio cholerae à condition que la turbidité de l’eau ne dépasse pas un certain seuil, que le temps de contact soit respecté et que le niveau requis de chlore résiduel libre soit atteint et maintenu.

Nomenclature

Les souches de Vibrio cholerae sont classées en sérogroupes selon la structure de l’antigène O. Bien que de nombreux sérogroupes puissent provoquer des cas individuels de gastro-entérite bénigne ou d’infections extra-intestinales, seules les souches produisant la toxine cholérique des sérogroupes O1 et O139 sont responsables d’épidémie de choléra.

Le sérogroupe O1 est subdivisé en 2 biotypes : classique et El Tor.
• Le biotype classique est considéré comme l’agent responsable des 6 premières pandémies de choléra (19e et 20e siècle).
• Le biotype El Tor est responsable de l’actuelle 7e pandémie (depuis 1961).
Ces 2 biotypes sont subdivisés en 3 sérotypes : Inaba, Ogawa et le rare Hikojima.

Le sérogroupe O139, probablement dérivé du V. cholerae O1 El Tor, est apparu au Bangladesh en 1992. Cette souche est restée presque exclusivement confinée à l’Asie du Sud et du Sud-est.

1.1.4 Transmission

Réservoirs

Réservoir aquatique
Les vibrions sont des hôtes naturels des environnements aquatiques (eau salée, saumâtre et douce). Ils vivent associés à d’autres organismes (plantes, zooplancton, crustacés) et peuvent être retrouvés dans les mollusques et certains poissons. Ils sont capables d’entrer dans un état de « dormance » lorsque les conditions environnementales sont défavorables à leur croissance et reproduction.

Réservoir humain
Pendant les périodes de transmission active, les êtres humains sont le principal réservoir de vibrions. La transmission du vibrion de personne à personne s’effectue par voie féco-orale.
Les selles des personnes symptomatiques contiennent 107 à 108 vibrions/ml. Cette quantité est suffisante pour provoquer de nouvelles infections1 6. Les malades peuvent perdre des litres de diarrhée, la charge bactérienne transmissible est donc très importante. L’émission de vibrions dans les selles cesse au bout de 7 à 10 jours. Les porteurs chroniques sont considérés comme rares.
Une personne infectée asymptomatique peut également émettre des vibrions pendant plusieurs jours, en quantité moindre mais suffisante pour provoquer de nouvelles infections (103 à 105/ml).

Modes de transmission

Le risque de transmission provient principalement de la consommation d’eau contenant des vibrions. Les vibrions peuvent avoir été introduits par une personne infectée dont les selles ont contaminé l’eau de boisson ou peuvent être présents dans l’eau à l’état naturel.

La transmission peut avoir lieu lors de la consommation d’aliments contaminés par des matières fécales. N’importe quel aliment peut être contaminé s’il est préparé avec de l’eau ou des ustensiles contaminés ou s’il est mélangé à des aliments contaminés ou s’il est manipulé sans respect des règles d’hygiène par des personnes porteuses du vibrion. Les basses températures favorisent la survie de Vibrio cholerae dans les aliments. De nombreux aliments tels que le riz froid, les légumes et fruits crus ou les crèmes glacées, ont été impliqués dans des épidémies de choléra.

Plus rarement, la consommation de mollusques, coquillages, crustacés contaminés dans leur environnement naturel et mangés crus ou insuffisamment cuits peut être à l’origine d’épidémies de choléra.

La transmission directe de personne à personne (c.-à-d. vibrions ingérés à partir de mains contaminées par des selles) est considérée comme moins fréquente7 mais possible en particulier entre les personnes vivant sous le même toit.

1.1.5 Facteurs favorisant l’infection

Facteurs liés à l’agent pathogène

Le biotype O1 classique produit une toxine cholérique qualitativement et quantitativement différente de celle du biotype O1 El Tor. Il est associé à une plus forte proportion de personnes symptomatiques et de cas sévères, tandis que le biotype O1 El Tor tolère des conditions environnementales très diverses et pourrait persister plus longtemps dans l’environnement.

Depuis le début des années 90, une souche variante d’El Tor produisant la toxine cholérique classique a été identifiée. Cette souche combinant les «points forts» des deux biotypes a émergée sur le sous-continent asiatique et s’est propagé en Afrique et aux Caraïbes. L’examen des données de cas d’épidémies causées par cette variante a montré une plus grande proportion de cas sévères par rapport à la souche originale El Tor8.

Facteurs liés à l’hôte

Facteurs spécifiques
– Les patients du groupe sanguin O2  ont plus de risque de développer une infection cholérique sévère9.
– L’acide gastrique constitue une barrière à l’infection cholérique. Une diminution de l’acidité gastrique due à une maladie préexistante ou à la prise d’inhibiteurs des récepteurs H2 ou d’inhibiteurs de la pompe à protons, augmentent le risque d’infection.
Remarque : la nourriture neutralise également l’acidité gastrique et facilite le passage de Vibrio cholerae au-delà de l’estomac.

Immunité acquise par la maladie ou la vaccination
L’introduction de Vibrio cholerae dans l’intestin stimule une réponse immunitaire à la fois locale et systémique. Cette immunité naturelle3  est limitée dans le temps (entre 6 mois et quelques années) selon la réponse immunitaire individuelle.
Le vaccin oral contre le choléra induit également une immunité.

Dans les régions où le choléra est endémique, les taux d’attaque sont plus élevés chez les nourrissons et les enfants que dans les autres tranches d’âge car ils n’ont pas encore développé d’immunité, l’immunité s’installant après des expositions répétées. Dans les régions où le choléra est rare ou inconnu, toutes les tranches d’âge sont susceptibles d’être touchées.

1.1.6 Facteurs déclenchant les épidémies

Les épidémies sont déclenchées par la combinaison de plusieurs facteurs dépendant du contexte.

Zones endémiques pour le choléra

L’OMS définit une zone endémique pour le choléra comme une zone où des cas de choléra confirmés bactériologiquement, résultant d’une transmission locale, ont été détectés au cours des 3 dernières années10.
Une zone est définie comme une unité administrative infranationale, p.ex., un état, un district ou des unités territoriales plus petites.
Remarque : tout pays dans lequel une ou plusieurs unité(s) administrative(s) infranationale(s) sont endémiques est défini comme un pays endémique pour le choléra.

Dans ces régions, les épidémies saisonnières ou sporadiques (ou les « pics de cas » lorsque le choléra persiste tout au long de l’année) sont relativement prévisibles si le réservoir initial du vibrion est le milieu aquatique. Les infections se déclarent habituellement après des périodes de fort ensoleillement où la température ambiante est élevée, alors que l’eau présente des caractéristiques spécifiques en termes d’alcalinité, salinité et température. Ces conditions favorisent la croissance de plantes et zooplancton liés au développement du vibrion. Elle conduit à une concentration de bactéries actives dans l’environnement suffisante pour être une source d’infection. Les personnes infectées dans l’environnement contaminé introduisent ensuite le vibrion dans la population, et une épidémie débute.
En zone endémique, il est également possible que Vibrio cholerae se maintienne en période interépidémique grâce aux porteurs paucisymptomatiques ou asymptomatiques11.

Zones non-endémiques pour le choléra

Des épidémies de choléra peuvent se déclarer dans des zones où Vibrio cholerae n’est pas endémique, suite à l’importation de la bactérie par des individus infectés ailleurs.

Saisonnalité

Dans certaines régions, les épidémies se déclarent pendant la saison sèche. Dans ce contexte, la rareté de l’eau augmente la probabilité qu’une seule source d’eau contaminée puisse contaminer un grand nombre de personnes.
Ailleurs, des épidémies se déclarent à la saison des pluies, lorsque le ruissellement des eaux entraîne des matières fécales des zones de défécations en plein air vers les sources d’eau.

Conditions de vie précaires et surpopulation

Après l’introduction du vibrion dans une population, le risque d’épidémie augmente si les conditions favorisant la transmission sont réunies, notamment les conditions de vie précaires (assainissement, approvisionnement en eau potable et hygiène défaillants) et une forte concentration de population.

1.1.7 Caractéristiques majeures des épidémies selon le contexte


Zones rurales

Zones urbaines,
bidonvilles

Situations « fermées »
(camps de réfugiés)

Population - Densité

Faible, dispersion

Forte

Forte ou très forte

Population - Nombre

Elevé

Elevé

Faible

Taux d’attaque typique*

0,1 à 2%

1 à 5%

1 à 5%

Pic atteint en

1 à 3 mois

2 à 8 semaines

2 à 4 semaines

Durée de l’épidémie

3 à 6 mois

2 à 4 mois

1 à 3 mois

Létalité**

< 5%

2 à 5%

< 2%

   Les taux d’attaque (TA) peuvent être plus élevés dans des cas extrêmes (p.ex. Goma, Haïti).
**  Taux de létalité (TL) attendu lorsque le traitement est disponible.
Source : Review of MSF programs in cholera epidemics, 1990-1997 (Epicentre)

Dans les zones rurales où la population est dispersée, les caractéristiques sont un TA faible, une longue durée d’épidémie, un pic épidémique retardé et un TL élevé.

Dans les zones urbaines, bidonvilles et camps de réfugiés, les TA sont élevés en raison de la densité de population qui favorise la transmission. Dans les camps de réfugiés, les épidémies sont plus courtes et le pic plus précoce car la population est fixe, en général plus petite, et que les mesures de prévention sont en général plus faciles à mettre en place. De même, le TL tend à être plus bas car l’accès aux soins est plus facile pour la majorité de la population.



Footnotes
Ref Notes
1

La dose infectieuse (c.-à-d. le nombre de bactéries qu’il faut ingérer pour provoquer la maladie), varie de 103 à 108 cellules, selon le mode de transmission et des facteurs liés à l’agent pathogène et à l’hôte.

2

Les individus du groupe sanguin O sont plus susceptibles de développer des symptômes sévères s’ils sont infectés par les souches O1 El Tor et O139. Cette relation ne concerne pas les infections à Vibrio cholerae O1 classique.

3

Il n’existe pas de protection croisée entre les infections dues aux souches O1 et O139. Les personnes infectées par la souche El Tor Inaba développent une protection contre la souche Ogawa lors d’infections subséquentes mais une infection par la souche Ogawa protège peu contre les infections dues à la souche Inaba.