3.1 Tuberculose active

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Sommaire

    3.1.1 Introduction

    La tuberculose active (TB) est confirmée bactériologiquement par la détection du complexe M. tuberculosis à l’aide de différents tests. Ces tests détectent l'organisme lui-même (examen microscopique de frottis et culture) ou une partie de son matériel génétique (tests génotypiques, dont tests moléculaires rapides et séquençage du génome).

     

    Les échantillons utilisés pour les tests bactériologiques comprennent les échantillons respiratoires et les échantillons extrapulmonaires (Tableau 3.6).

     

    Les tests de sensibilité aux médicaments (DST) sont indiqués pour tout patient chez qui une TB est confirmée. Les DST peuvent être génotypiques ou phénotypiques :

    • Le DST génotypique (gDST) peut détecter une pharmacorésistance grâce à l'identification de mutations génétiques spécifiques.
    • Le DST phénotypique (pDST) peut détecter une pharmacorésistance en mesurant la croissance de M. tuberculosis en présence du médicament.

     

    En cas de suspicion de TB :

    • Réaliser un test moléculaire rapide (TMR) afin de détecter M. tuberculosis et une résistance à la rifampicine a Citation a. Si l’examen microscopique est le seul test diagnostic disponible sur place, les échantillons doivent être envoyés à une structure capable de réaliser des TMR. .
    • Quel que soit le résultat du test de sensibilité à la rifampicine (résistance détectée ou non), réaliser un TMR pour détecter une résistance à l'isoniazide chez tous les patients si possible, et au minimum chez ceux qui présentent un risque élevé de résistance à l’isoniazide (voir définition ci-dessous). 
    • Réaliser un test de résistance aux fluoroquinolones et aux autres antituberculeux en cas de résistance à la rifampicine.
    • Réaliser un test de résistance aux fluoroquinolones en cas de résistance à l'isoniazide et sensibilité à la rifampicine.
    • Une culture, un pDST et un séquençage du génome peuvent être nécessaires.

     

    Lorsque les ressources sont limitées, une résistance doit être recherchée en priorité chez les patients présentant :

    • Un risque élevé de décès : p. ex. patients infectés par le VIH ou ayant des lésions étendues.
    • Un risque élevé de résistance : patients avec antécédent de traitement TB ou en contact avec un cas de TB résistante à un ou plusieurs antituberculeux ou provenant d'une région où la prévalence de la résistance à un ou plusieurs antituberculeux est élevée.

     

    Remarques :

    • Des tests bactériologiques négatifs pour M. tuberculosis n'excluent pas une TB.
    • Un DST négatif n'exclut pas nécessairement une pharmacorésistance.

     

    D'autres examens peuvent contribuer au diagnostic de la TB. Ces examens comprennent : le test urinaire de lipoarabinomannane à flux latéral (LF-LAM), qui détecte un antigène de la paroi cellulaire de M. tuberculosis excrété dans l'urine, l'imagerie médicale et certains tests biologiques.

    3.1.2 Tests moléculaires rapides

    Les TMR sont des tests d'amplification des acides nucléiques (NAAT). Ils peuvent détecter M. tuberculosis et une pharmacorésistance, en identifiant au niveau de certains gènes, des mutations conférant une résistance (Tableau 3.1). D'autres mutations responsables de résistances peuvent être présentes mais non détectées par les TMR. Dans les régions où la prévalence de ces mutations est élevée, la sensibilité des TMR peut être diminuée [1] Citation 1. Sanchez-Padilla E, Merker M, Beckert P, Jochims F, Dlamini T, Kahn P, Bonnet M, Niemann S. Detection of drug-resistant tuberculosis by Xpert MTB/RIF in Swaziland. N Engl J Med. 2015 Mar 19;372(12):1181-2. 
    https://doi.org/10.1056/NEJMc1413930         .

     

    Tableau 3.1 – Tests moléculaires rapides et détection de la pharmacorésistance

     

    Tests

    Résistance aux antituberculeux (gènes ciblés)

    NAAT de faible complexité

    • Xpert MTB/RIF
    • Xpert MTB/RIF Ultra
    • Truenat MTB-RIF Dx

    NAAT de complexité modérée

    NAAT de complexité élevée

    • GenoType MTBDRplus (V2.0)
    • Genoscholar NTM+MDRTB II

    Rifampicine (rpoB)

    NAAT de faible complexité

    • Xpert MTB/XDR

    NAAT de complexité modérée

    NAAT de complexité élevée

    • GenoType MTBDRplus (V2.0)
    • Genoscholar NTM+MDRTB II

    Isoniazide niveau de résistance élevé (katG)

    Isoniazide niveau de résistance faible, thionamides (a) Citation a. Des mutations dans d'autres gènes peuvent entraîner une résistance aux thionamides, par conséquent, l'absence de mutation inhA n'exclut pas une résistance. (promoteur inhA)

    NAAT de faible complexité

    • Xpert MTB/XDR

    NAAT de complexité élevée

    • GenoType MTBDRsl (V2.0) 

    Fluoroquinolones (gyrA, gyrB) (b) Citation b. Des mutations spécifiques dans gyrA (p. ex. mutations reconnues par les sondes MUT3B, 3C, 3D) sont associées à un niveau élevé de résistance aux fluoroquinolones.

    Aminosides (rrs, eis)

    NAAT de complexité élevée

    • Genoscholar PZA-TB II

    Pyrazinamide (pncA)

    Les TMR ont une bonne spécificité mais sont moins sensibles que la culture. Ils présentent différents niveaux de complexité qui conditionnent leur utilisation à différents niveaux de structures de santé. Les TMR de faible complexité sont privilégiés en pratique courante.

    Tests d'amplification d'acide nucléique de faible complexité

    1) Tests Xpert

    Les tests Xpert sont presque entièrement automatisés. Une alimentation électrique continue et un ordinateur sont nécessaires pour réaliser et lire ces tests.

     

    Les tests Xpert peuvent être réalisés sur :

    • Des échantillons respiratoires (crachats, aspiration nasopharyngée et, chez l’enfant, aspiration gastrique) et de selles (chez l'enfant) pour la TBP.
    • Des échantillons extrapulmonaires (EP) :
      • Biopsie ou aspiration des ganglions lymphatiques : suspicion de TB ganglionnaire ou détection d'une résistance à la rifampicine en cas de TB ganglionnaire diagnostiquée cliniquement ;
      • Liquide céphalorachidien (LCR) : suspicion de méningite tuberculeuse ;
      • Liquide pleural : suspicion de TB avec épanchement pleural ;
      • Liquide péritonéal : suspicion de TB abdominale ;
      • Liquide péricardique : suspicion de TB avec épanchement péricardique (prélèvement de l’échantillon à réaliser uniquement par un clinicien expérimenté) ;
      • Liquide synovial : suspicion d'arthrite tuberculeuse ;
      • Urine : suspicion de TB urogénitale ; suspicion de TB disséminée chez les patients infectés par le VIH ;
      • Sang : suspicion de TB disséminée chez les patients infectés par le VIH.

     

    Les tests Xpert MTB/RIF et Xpert MTB/RIF Ultra donnent simultanément des résultats pour la détection de M. tuberculosis et de la résistance à la rifampicine.

     

    La sensibilité du test Xpert MTB/RIF Ultra est supérieure à celle du test Xpert MTB/RIF. Il fournit un résultat « trace », qui correspond à la plus faible charge bacillaire de M. tuberculosis détectable. Il est préféré chez les patients infectés par le VIH, les enfants, les échantillons EP et échantillons de crachats négatifs à l’examen microscopique. Sa spécificité est moindre chez les patients ayant des antécédents de TB car un résultat « trace » peut signifier que l'échantillon contient des fragments de bacilles morts.

     

    L’OMS a validé leur utilisation sur la biopsie ou aspiration des ganglions lymphatiques, le LCR, le liquide pleural, péritonéal, péricardique, synovial, l'urine, et sur les selles chez l'enfant [2] Citation 2. World Health Organization. WHO operational handbook on tuberculosis. Module 3: diagnosis - rapid diagnostics for tuberculosis detection, 2021 update. Geneva: World Health Organization; 2021. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO.
    https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/342369/9789240030589-eng.pdf?sequence=1         . Les tests Xpert sur le sang ont une faible sensibilité par rapport à la culture et ne sont pas recommandés en routine [3] Citation 3. Pohl C, Rutaihwa LK, Haraka F, Nsubuga M, Aloi F, Ntinginya NE, Mapamba D, Heinrich N, Hoelscher M, Marais BJ, Jugheli L, Reither K. Limited value of whole blood Xpert(®) MTB/RIF for diagnosing tuberculosis in children. J Infect. 2016 Oct;73(4):326-35.  .

     

    Le test Xpert MTB/XDR détecte la résistance à l'isoniazide (niveau faible et élevé), aux fluoroquinolones (niveau faible et élevé), aminosides et thionamides. Il ne détecte pas la résistance à la rifampicine.

     

    Le test Xpert MTB/XDR utilise la même plate-forme que les autres tests Xpert. Toutefois, il nécessite un module 10 couleurs au lieu du module 6 couleurs utilisés pour les tests Xpert MTB/RIF et MTB/RIF Ultra. Le module 10 couleurs peut également lire les tests Xpert MTB/RIF et Xpert MTB/RIF Ultra.

     

    Le test Xpert MTB/XDR doit être réalisé :

    • Si une résistance à la rifampicine a été détectée par un test Xpert MTB/RIF ou Xpert MTB/RIF Ultra, pour détecter une résistance aux autres antituberculeux.
    • Si M. tuberculosis a été détecté par un test Xpert MTB/RIF ou Xpert MTB/RIF Ultra ou une culture, pour détecter une résistance à l'isoniazide chez tous les patients si possible, et au minimum chez ceux qui présentent un risque élevé de résistance à l’isoniazide (Section 3.1.1).
    • Avant de prescrire un traitement contenant une fluoroquinolone en cas de TB résistante à l'isoniazide (TB-Hr), TB multirésistante (TB-MDR), TB résistante à la rifampicine (TB-RR) ou TB pharmacosensible traitée par le schéma 2HPZ-Mfx/2HP-Mfx.
    • Avant de traiter une méningite tuberculeuse pharmacosensible avec le schéma 6HRZEto.
    • Chez les patients atteints de TB sensible aux fluoroquinolones, ayant reçu un traitement initial contenant une fluoroquinolone et présentant un examen microscopique positif au 2e mois de traitement ou après.

     

    Tableau 3.2 – Principales performances des tests Xpert

     

    Tests  Xpert

    Performances

    MTB/RIF

    Détection de M. tuberculosis (MTB) par rapport à la culture :

    • Sensibilité sur échantillons respiratoires [4] Citation 4. World Health Organization. Automated real-time nucleic acid amplification technology for rapid and simultaneous detection of tuberculosis and rifampicin resistance: Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary TB in adults and children. Policy update. Geneva 2013.
      https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/112472/9789241506335_eng.pdf?sequence=1             :
      • frottis de crachats positif : 99%
      • frottis de crachats négatif : 68%
      • patients infectés par le VIH : 79%
      • enfants : voir Annexe 1.
    • Sensibilité sur échantillons EP : voir Annexe 1.
    • Spécificité : très élevée sur tous les échantillons (99%), c-à-d. qu’il est peu probable qu’un résultat positif soit un faux positif.

    Détection de la résistance à la rifampicine par rapport au pDST [4] Citation 4. World Health Organization. Automated real-time nucleic acid amplification technology for rapid and simultaneous detection of tuberculosis and rifampicin resistance: Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary TB in adults and children. Policy update. Geneva 2013.
    https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/112472/9789241506335_eng.pdf?sequence=1         :

    Sensibilité : 95% ; spécificité : 98%

    MTB/RIF Ultra

     

    Détection de MTB sur échantillons respiratoires et EP [5] Citation 5. World Health Organization. WHO meeting report of a technical expert consultation: non-inferiority analysis of Xpert MTF/RIF Ultra compared to Xpert MTB/RIF. Geneva 2017.
    https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/254792/WHO-HTM-TB-2017.04-eng.pdf?sequence=1         :

    • Sensibilité : + 5% par rapport à Xpert MTB/RIF
    • Spécificité : - 3,2% par rapport à Xpert MTB/RIF ; - 5,4% si antécédent de TB

    Pas de résultat pour la résistance à la rifampicine si résultat « trace ».

    MTB/XDR

    Détection de MTB sur échantillons respiratoires et EP (enfants et adultes) :

    Identique au test Xpert MTB/RIF.

    Détection des résistances par rapport au pDST [6] Citation 6. World Health Organization. Update on the use of nucleic acid amplification tests to detect TB and drug-resistant TB: rapid communication. Geneva: World Health Organization; 2021.
    https://apps.who.int/iris/rest/bitstreams/1332438/retrieve         :

    • A l’isoniazide (niveau faible et élevé) : sensibilité : 94,2% ; spécificité : 98%
    • Aux fluoroquinolones (niveau faible et élevé) : sensibilité : 93,1% ; spécificité : 98,3%
    • Aux aminosides : sensibilité : 86,1% ; spécificité : 98,9%
    • Aux thionamides : sensibilité : 51,7% ; spécificité : 98,3%

     

    Pour plus d'informations sur le traitement des échantillons et sur les instruments Xpert, voir Annexe 1.

    Pour l'interprétation des résultats des tests Xpert, voir Annexe 2.

    Pour le formulaire de demande d'examen, voir Annexe 34.

    2) Tests Truenat

    Les tests Truenat nécessitent :

    • Plusieurs étapes manuelles (pipetage).
    • Un test séquentiel pour détecter M. tuberculosis (Truenat MTB Plus) puis une résistance à la rifampicine (Truenat MTB-RIF Dx).
    • Des kits différents pour la préparation des échantillons, l'extraction de l'ADN, l'amplification de l'ADN et la détection de M. tuberculosis et de la résistance à la rifampicine.

     

    Le test Truenat MTB Plus ne peut être réalisé que sur des échantillons de crachats (examen microscopique positif ou négatif). Il n'est pas recommandé pour les autres échantillons respiratoires ni pour les échantillons EP [2] Citation 2. World Health Organization. WHO operational handbook on tuberculosis. Module 3: diagnosis - rapid diagnostics for tuberculosis detection, 2021 update. Geneva: World Health Organization; 2021. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO.
    https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/342369/9789240030589-eng.pdf?sequence=1         .
    Sa spécificité est élevée, c-à-d. qu’il est peu probable qu'un résultat positif soit un faux positif [7] Citation 7. StopTB Partnership. Guide pratique de mise en œuvre des tests Truenat pour le dépistage de la tuberculose et la détection de la résistance à la rifampicine. Genève 2021.
    https://www.stoptb.org/sites/default/files/Truenat_Implementation_Guide_FRENCH_0.pdf         .

    Les tests peuvent être réalisés à des températures ambiantes allant jusqu'à 40 °C et une humidité allant jusqu'à 80%. L’appareil fonctionne sur batterie et peut être utilisé dans des structures périphériques ou mobiles.

    L'interprétation des résultats est similaire à celle de Xpert (Annexe 2).

     

    Tableau 3.3 – Principales performances des tests Truenat

     

    Tests Truenat

    Performances

    MTB Plus

     

     

    Détection de MTB sur échantillons de crachats (enfants et adultes) par rapport à la culture :

    MTB-RIF Dx

    Détection de la résistance à la rifampicine par rapport au pDST :

    Réalisé sur l'ADN isolé à partir d'échantillons de crachats testés positifs avec Truenat MTB Plus.

    • Sensibilité : 84%
    • Spécificité : 97%

     

    3) TB-LAMP

    Ce test, bien que validé par l’OMS, présente des limites majeures :

    • Pas de détection de la résistance à la rifampicine.
    • Sensibilité inférieure à celle des autres NAAT de faible complexité chez les patients infectés par le VIH ou à frottis négatif.
    • Pas de diagnostic de la TB extrapulmonaire (TBEP) [2] Citation 2. World Health Organization. WHO operational handbook on tuberculosis. Module 3: diagnosis - rapid diagnostics for tuberculosis detection, 2021 update. Geneva: World Health Organization; 2021. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO.
      https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/342369/9789240030589-eng.pdf?sequence=1             .

     

    Encadré 3.1 – Choix des NAAT de faible complexité

     

    Xpert : tests de première intention pour le diagnostic de la TB chez l’enfant et l’adulte.

    Truenat : si pas d’électricité ou température ambiante d’utilisation comprise entre 31 et 40 °C.

    TB-LAMP : non recommandé.

     

    Tests d'amplification d'acide nucléique de complexité modérée

    Ces tests sont recommandés par l'OMS pour la détection simultanée de M. tuberculosis et de la résistance à la rifampicine et à l'isoniazide, à partir d'échantillons respiratoires à frottis positif et négatif, chez les enfants et les adultes, y compris infectés par le VIH.

     

    Tableau 3.4 – Performances des NAAT de complexité modérée

     

    Tests

    Performances
    • Abbott Real Time MTB et MTB RIF/INH BD MAX MDR-TB
    • Hain FluoroType MTB et MTBDR
    • Roche cobas MTB et MTB-INH/RIF

    Détection de MTB par rapport à la culture :

    • Sensibilité : 93%
    • Spécificité : 97,7%

    Détection de la résistance à la rifampicine par rapport au pDST :

    • Sensibilité 96,7%
    • Spécificité 98,9%

    Détection de la résistance à l'isoniazide par rapport au pDST :

    • Sensibilité 86,4 % 
    • Spécificité 99,8%

     

    Les NAAT de complexité modérée ont plusieurs limites :

    • Besoin d'espace, équipement, personnel qualifié (réalisables uniquement par des laboratoires régionaux).
    • Un pDST, un NAAT de complexité élevée ou un séquençage du génome reste nécessaire pour :
      • tester la sensibilité aux autres antituberculeux ;
      • confirmer un résultat négatif chez les patients à risque élevé de résistance.
    • Utilisation non validée sur échantillons EP.

    Tests d'amplification d'acide nucléique de haute complexité

    Les tests d’hybridation inverse (line probe assays, LPA) peuvent détecter chez M. tuberculosis des mutations spécifiques codant pour la résistance à la rifampicine, à l'isoniazide, aux fluoroquinolones, aux aminosides et au pyrazinamide.

     

    Ils peuvent être réalisés sur des isolats de M. tuberculosis (test indirect) et pour certains d'entre eux, sur des échantillons de crachats (test direct).

     

    Les NAAT de complexité élevée ont plusieurs limites :

    • Besoin d'espace, équipement, personnel hautement qualifié (réalisables uniquement par des laboratoires de référence et nationaux).
    • Risque de contamination croisée (les tests sont réalisés dans un système ouvert, avec risque de détection d'ADN provenant d’autres sources que l'échantillon).
    • Pour bénéficier du bref délai d'exécution des tests : besoin d’un support logistique efficace pour le transport des échantillons au laboratoire et le retour rapide des résultats.
    • Un pDST ou un séquençage du génome reste nécessaire pour :
      • tester la sensibilité aux autres antituberculeux
      • confirmer un résultat négatif chez les patients à risque élevé de résistance.
    • Utilisation non validée sur échantillons respiratoires autres que crachats et échantillons EP.
    • Même si les résultats des tests directs peuvent être obtenus en 1 à 2 jours, il faut attendre le temps nécessaire à la croissance bactérienne pour obtenir les résultats des tests indirects (Annexe 5).

     

    Encadré 3.2 – LPA validés par l'OMS b Citation b. Pour plus d’informations sur les LPA, voir : Global Laboratory Initiative. Tests d’hybridation inverse sur bandelette pour la détection de la tuberculose pharmaco-résistante. Guide pour l’interprétation et la présentation des résultats destiné au personnel de laboratoire et aux cliniciens.
    http://stoptb.org/wg/gli/assets/documents/LPA_test_French.pdf

     

    LPA de première ligne

    • GenoType MTBDRplus version 2 (« Hain test de première ligne ») : test initial pour détecter la résistance à la rifampicine et à l'isoniazide sur échantillons de crachats à frottis positif et isolats de M. tuberculosis. Par rapport au pDST, sensibilité de 98,2% pour la rifampicine et 97,8% pour l'isoniazide ; spécificité de 95,4% pour la rifampicine et 98,8% pour l'isoniazide [8] Citation 8. World Health Organization. WHO Guideline: The use of molecular line probe assays for the detection of resistance to isoniazid and rifampicin. 21–23 (2016).
      https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/246131/9789241510561-eng.pdf?sequence=1&isAllowed=y             . Utilisation non recommandée sur les échantillons de crachats à frottis négatif (la sensibilité du test est faible, 44,4%) [6] Citation 6. World Health Organization. Update on the use of nucleic acid amplification tests to detect TB and drug-resistant TB: rapid communication. Geneva: World Health Organization; 2021.
      https://apps.who.int/iris/rest/bitstreams/1332438/retrieve             .
    • Genoscholar NTM+MDRTB II (« test Nipro ») : performances comparables au GenoType MTBDRplus pour détecter la résistance à la rifampicine et à l'isoniazide sur échantillons de crachats à frottis positif et isolats de M. tuberculosis. Utilisation non recommandée sur des échantillons de crachats à frottis négatif. Peut différencier M. avium, M. intracellulare et M. kansasii des autres mycobactéries non tuberculeuses.
    • Genoscholar PZA-TB ll : pour détecter une résistance au pyrazinamide sur isolats de M. tuberculosis. Par rapport au pDST, sensibilité de 81% et spécificité de 97% [6] Citation 6. World Health Organization. Update on the use of nucleic acid amplification tests to detect TB and drug-resistant TB: rapid communication. Geneva: World Health Organization; 2021.
      https://apps.who.int/iris/rest/bitstreams/1332438/retrieve             .

     

    LPA de deuxième ligne
    GenoType MTBDRsl version 2 (« Hain test de deuxième ligne ») : chez les patients atteints de TB-MDR/RR confirmée, pour détecter une résistance aux fluoroquinolones (niveau faible et élevé) et aux aminosides, sur échantillons de crachats à frottis positif ou négatif et isolats de M. tuberculosis. Le nombre de résultats « indéterminés » est plus élevé pour les échantillons de crachats à frottis négatif que pour les échantillons à frottis positif. Pour les échantillons de crachats à frottis positif, sensibilité de 93% pour les fluoroquinolones et 88,9% pour les aminosides ; spécificité de 98,3% pour les fluoroquinolones et 91,7% pour les aminosides [9] Citation 9. Tagliani, E. et al. Diagnostic performance of the new version (v2.0) of GenoType MTBDRsl assay for detection of resistance to fluoroquinolones and second-line injectable drugs: A multicenter study. J. Clin. Microbiol. 53, 2961–2969 (2015).
    https://doi.org/10.1128/JCM.01257-15         .

     

    3.1.3 Séquençage du génome

    Le séquençage du génome ne peut être réalisé que par des laboratoires de référence hautement spécialisés.
    Il peut rapidement :

    • Détecter les mutations associées à la résistance aux antituberculeux. Si disponible, le séquençage est particulièrement utile pour identifier :
      • les résistances aux antituberculeux pour lesquels le pDST n'est pas fiable ou pour lesquels il n’existe pas de TMR ;
      • les mutations non identifiées par les TMR (+ 20% de la détection de la résistance aux médicaments par rapport aux TMR a été décrite [10] Citation 10. Connie Lam, Elena Martinez, Taryn Crighton, Catriona Furlong, Ellen Donnan, Ben J. Marais, Vitali Sintchenko. Value of routine whole genome sequencing for Mycobacterium tuberculosis drug resistance detection. International Journal of Infectious Diseases, 2021.
        https://doi.org/10.1016/j.ijid.2021.03.033                 ).
    • Détecter une infection mixte (c.-à-d. par des souches distinctes de M. tuberculosis).
    • Identifier une hétérorésistance (même souche avec différents profils de résistance).
    • Distinguer une rechute d’une réinfection avec une souche différente.

     

    Les méthodes de séquençage comprennent le séquençage de Sanger (méthode de référence) et le séquençage de nouvelle génération (NGS). L’avantage du NGS est de fournir des résultats pour un grand nombre de gènes en une seule réaction, contrairement au séquençage de Sanger.
    Les résultats de NGS sont interprétés par le laboratoire de référence à l’aide d’un logiciel spécifique et de bases de données de mutations c Citation c. Pour plus d'information :
    • WHO catalogue of mutations in M. tuberculosis complex and their association with drug resistance: https://www.who.int/publications/i/item/9789240028173
    • Relational Sequencing TB (ReSeqTB) Data Platform: https://c-path.org/programs/cptr/cptr-tools/databases/relational-sequencing-tb-data-platform-reseqtb/         .
    Certaines mutations associées à la résistance aux antituberculeux d’introduction récente (p. ex. bédaquiline, délamanide) ainsi que les implications thérapeutiques de ces mutations sont encore mal connues.

     

    Les deux principales techniques de NGS sont le séquençage ciblé (tNGS) et le séquençage du génome entier (WGS) :

    • tNGS (sur crachats à frottis positif ou isolats de culture) : détection de mutations conférant une résistance sur 18 gènes sélectionnés : antituberculeux de première ligne, fluoroquinolones, aminosides, linézolide, bédaquiline, clofazimine, éthionamide (Deeplex®Myc-TB). Utilisé en routine.
    • WGS (sur isolats de culture) : détection de mutations conférant une résistance sur l'ensemble du génome (c.-à-d. potentiellement tous les antituberculeux). Utilisé à des fins de recherche.

    3.1.4 Examen microscopique de frottis

    Le but de l’examen est de détecter des bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) dans des échantillons préalablement colorés.

     

    L’examen microscopique de frottis a plusieurs limites :

    • Sensibilité inférieure à celle des TMR et de la culture sur les échantillons respiratoires (65% par rapport à la culture [4] Citation 4. World Health Organization. Automated real-time nucleic acid amplification technology for rapid and simultaneous detection of tuberculosis and rifampicin resistance: Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary TB in adults and children. Policy update. Geneva 2013.
      https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/112472/9789241506335_eng.pdf?sequence=1             ) et les échantillons EP (48% par rapport à la culture [11] Citation 11. Enrico Tortoli, Cristina Russo, Claudio Piersimoni, Ester Mazzola, Paola Dal monte, Michela Pascarella, Emanuele Borroni, Alessandra Mondo, Federica Piana, Claudio Scarparo, Luana Coltella, Giulia Lombardi, Daniela M. Cirillo. Clinical validation of Xpert MTB/RIF for the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. European Respiratory Journal 2012 40: 442-447.
      https://doi.org/10.1183/09031936.00176311             ).
    • Faible sensibilité chez les patients dont la charge bacillaire dans les crachats est faible (TB paucibacillaire), p. ex. chez les enfants et les patients infectés par le VIH.
    • Pas de distinction entre M. tuberculosis des mycobactéries non tuberculeuses. Toutefois, lorsque des BAAR détectés à l'examen microscopique des frottis dans les régions où la prévalence de la TB est élevée, il s’agit très probablement M. tuberculosis.
    • Pas de distinction entre bacilles viables (vivants)/non viables (morts).
    • Pas d’information sur la sensibilité des bacilles aux antituberculeux.

     

    L'examen microscopique de frottis de crachats n'est plus le test diagnostique initial recommandé pour la TBP. Toutefois, il joue toujours un rôle :

    • Lorsque les TMR ne sont pas immédiatement disponibles.
    • Pour évaluer la contagiosité des patients atteints de TBP.
    • Pour le suivi de la réponse au traitement antituberculeux chez les patients atteints de :
      • TBP pharmacosensible (Chapitre 9).
      • TBP pharmacorésistante. Toutefois, la culture est également nécessaire pour monitorer la réponse au traitement chez ces patients (Chapitre 10 et Chapitre 11).

     

    Pour améliorer la sensibilité de l'examen microscopique de frottis de crachats :
    1) Examiner deux échantillons. Environ 86% des patients à frottis positif sont retrouvés lors du premier examen et 12% de plus lors du second. Il n’est pas utile de réaliser plus de deux examens [12] Citation 12. Mase, S.R., et al. Yield of serial sputum specimen examinations in the diagnosis of pulmonary tuberculosis: a systematic review. Int J Tuberc Lung Dis, 2007. 11(5): p. 485-95.
    http://docserver.ingentaconnect.com/deliver/connect/iuatld/10273719/v11n5/s3.pdf?expires=1611823630&id=0000&titleid=3764&checksum=39399CE1057042BD71BAC51B1470C1F8         .
    2) Préférer la microscopie fluorescente à diodes électroluminescentes (LED) pour examiner les frottis colorés à l'auramine à la microscopie de Ziehl-Neelsen car elle est plus sensible et la lecture est plus rapide.

     

    Les techniques de concentration peuvent également augmenter la sensibilité de l'examen microscopique [13] Citation 13. Bonnet M, Ramsay A, Githui W, Gagnidze L, Varaine F, Guerin PJ. Bleach Sedimentation: An Opportunity to Optimize Smear Microscopy for Tuberculosis Diagnosis in Settings of High Prevalence of HIV. Clin Infect Dis. 2008 Jun.;46(11):1710–6
    https://doi.org/10.1086/587891         .

     

    Pour le recueil, la conservation et le transport des échantillons de crachats, voir Annexe 3.
    Pour les techniques de préparation et de coloration des frottis de crachats, voir Annexe 4.

    Pour le formulaire de demande d'examen, voir Annexe 34.

    3.1.5 Culture

    La culture consiste à cultiver M. tuberculosis dans des milieux liquides ou solides spécifiques.
    La culture sur milieu liquide (mycobacterial growth indicator tube, MGIT automatisé ou manuel) est la méthode de référence pour le diagnostic de la TBP et de la TBEP. Compte tenu du délai d'obtention des résultats et de l'équipement nécessaire, elle n'est pas le test diagnostique initial.
    La culture sur milieu solide (Lowenstein-Jensen) est moins chère que sur milieu liquide et le risque de contaminations est aussi moins élevé mais le délai d'obtention des résultats est plus long.
    Il existe d'autres techniques de culture, moins utilisées d Citation d. Microscopic observation of drug susceptibility (MODS), nitrate reductase assay (NRA), Thin Layer Agar et colorimetric redox indicator (CRI). .

     

    La culture est nécessaire pour :

    • Confirmer les échecs de traitement.
    • Évaluer la réponse au traitement chez les patients atteints de TP pharmacorésistante (Chapitre 10 et Chapitre 11).
    • Évaluer les résultats du traitement chez les patients atteints de TP pharmacorésistante (Chapitre 17).
    • Fournir des isolats pour les tests suivants :
      • LPA de première ligne sur échantillons de crachats à frottis négatif et EP
      • Genoscholar PZA-TB ll, quel que soit le résultat du frottis de crachat
      • LPA de première ou deuxième ligne, lorsqu’un premier test LPA direct a donné un résultat invalide
      • WGS
      • tNGS sur échantillons de crachats à frottis négatif
    • Différencier M. tuberculosis des mycobactéries non tuberculeuses. La différenciation entre les espèces au sein du complexe M. tuberculosis n'est pas recherchée en routine.

     

    La culture peut contribuer au diagnostic de la TB lorsque d'autres tests bactériologiques sont négatifs ou non concluants :

    • Chez les patients présentant des signes et symptômes de TB et un TMR négatif, en particulier lorsqu'une résistance est suspectée.
    • Chez les adultes ayant un antécédent de TB au cours des 5 dernières années et présentant un résultat « trace » au test Xpert MTB/RIF Ultra.

     

    La culture a plusieurs limites :

    • Réalisation dans des laboratoires spécialisés ayant mis en place des procédures d'assurance-qualité régulières pour effectuer des cultures (souvent des laboratoires de référence nationaux ou supranationaux).
    • Obtention de résultats positifs en 2 à 4 semaines (M. tuberculosis est un bacille à croissance lente).

     

    Pour le recueil, la conservation et le transport des échantillons de crachats, voir Annexe 3.
    Pour le temps nécessaire à l’obtention des résultats, voir Annexe 5.

    3.1.6 Test phénotypique de sensibilité aux médicaments

    Le DST phénotypique (pDST) détermine si une souche est résistante à un antituberculeux en évaluant la croissance de M. tuberculosis en présence du médicament.
    Il peut détecter deux niveaux de résistance (faible et élevé) pour l'isoniazide et les fluoroquinolones.

     

    Le pDST est essentiel pour détecter les résistances aux antituberculeux pour lesquels il n’existe pas de TMR fiable et lorsque le séquençage du génome n'est pas disponible.
    De plus, le pDST peut être nécessaire :

    • Si un TMR indique M. tuberculosis « détecté » et résistance aux médicaments « indéterminée ».
    • Si un TMR indique une sensibilité aux médicaments chez un patient présentant un risque élevé de résistance.
    • Dans les régions à forte prévalence de mutations non détectées par les TMR.

     

    Les pDST sont réalisés sur des isolats de culture par des laboratoires spécialisés (souvent des laboratoires de référence nationaux ou supranationaux).

     

    Le pDST n'est pas fiable pour tous les médicaments même s'il est réalisé par un laboratoire hautement qualifié [14] Citation 14. World Health Organization. (‎2018)‎. Technical manual for drug susceptibility testing of medicines used in the treatment of tuberculosis.
    https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/275469/9789241514842-eng.pdf?ua=1         .

     

    Tableau 3.5 – Fiabilité du pDST pour les antituberculeux de première et deuxième ligne

     

    Fiabilité du pDST

    Antituberculeux

    Très fiable

    Isoniazide

    Rifampicine

    Fluoroquinolones

    Aminosides

    Non fiable (ne pas réaliser)

    Éthambutol

    Éthionamide

    Cyclosérine ou térizidone

    Acide para-aminosalicylique (ou sodium)

    Fiable mais accès limité en dehors des laboratoires supranationaux

    Bédaquiline

    Linézolide

    Clofazimine

    Délamanide

    Fiable si réalisé dans un laboratoire hautement qualifié (difficile à réaliser)

    Pyrazinamide

     

    3.1.7 Résumé des tests bactériologiques

    Les tableaux suivants donnent un aperçu des échantillons pouvant être utilisés pour chaque test et des tests permettant de détecter une résistance pour chaque antituberculeux.

     

    Tableau 3.6 – Échantillons pour tests bactériologiques

     

    Tests

    Spécimens

    Xpert, microscopie, culture

    Échantillons respiratoires et EP

    Truenat

    Crachats (frottis positif et négatif)

    NAAT de complexité modérée

    Échantillons respiratoires

    GenoType MTBDRplus version 2

    Genoscholar NTM+MDRTB II

    Crachats (frottis positif uniquement)

    Isolats de M. tuberculosis

    Genoscholar PZA-TB ll

    Isolats de M. tuberculosis

    GenoType MTBDRsl version 2

    Crachats (frottis positif et négatif)

    Isolats de M. tuberculosis

    tNGS

    Crachats (frottis positif uniquement)

    Isolats de M. tuberculosis

    WGS

    Isolats de M. tuberculosis

     

    Tableau 3.7 – Tests de détection d'une pharmacorésistance spécifique

     

    Antituberculeux

    gDST

    pDST

    Rifampicine

    Xpert MTB/RIF et Ultra, Truenat MTB-RIF Dx

    NAAT de complexité modérée

    GenoType MTBDRplus, Genoscholar NTM+MDRTB II Séquençage du génome

    Oui

    Isoniazide (c) Citation c. Niveau élevé et faible de résistance détecté par gDST et pDST.

    Xpert MTB/XDR

    NAAT de complexité modérée

    GenoType MTBDRplus, Genoscholar NTM+MDRTB II

    Séquençage du génome

    Oui

    Pyrazinamide

    Genoscholar PZA-TB ll

    Séquençage du génome

    Oui

    Éthambutol

    Séquençage du génome

    Non fiable

    Fluoroquinolones (c) Citation c. Niveau élevé et faible de résistance détecté par gDST et pDST.

    Xpert MTB/XDR

    GenoType MTBDRsl

    Séquençage du génome

    Oui

    Amikacine

    Xpert MTB/XDR

    GenoType MTBDRsl

    Séquençage du génome

    Oui
     

    Streptomycine

    Séquençage du génome

    Oui (d) Citation d. Rarement disponible dans les contextes où les ressources sont limitées.

    Thionamides (e) Citation e. La plupart des mutations conférant une résistance aux thionamides ne sont pas détectées par les TMR.

    Xpert MTB/XDR

    GenoType MTBDRplus, Genoscholar NTM+MDRTB II

    Séquençage du génome

    Non fiable

    Cyclosérine ou térizidone,

    Acide para-aminosalicylique (ou sodium)

    Séquençage du génome entier

    Non fiable

    Bédaquiline

    Linézolide

    Clofazimine

    Délamanide

    Séquençage du génome

    Oui (d) Citation d. Rarement disponible dans les contextes où les ressources sont limitées.

    3.1.8 Test urinaire de lipoarabinomannane à flux latéral 

    Le test urinaire de lipoarabinomannane à flux latéral (LF-LAM) est un test « au lit du patient », qui détecte l'antigène lipoarabinomannane (LAM) e Citation e. L'antigène LAM est un composant des parois cellulaires mycobactériennes, libéré par M. tuberculosis puis excrété par le rein. , un marqueur de TB active.

     

    Ce test peut être réalisé facilement par du personnel formé y compris dans les structures de santé périphériques.

     

    Les avantages du test LF-LAM par rapport aux tests réalisés sur les crachats sont :

    • Échantillons d'urine faciles à collecter.
    • Pas de risque de contamination du personnel lors du recueil ou traitement des échantillons.
    • Pas de conditions spécifiques de conservation de l'urine avant la réalisation du test.

     

    L'urine est appliquée sur la bandelette de test laissée à température ambiante pendant 25 minutes puis lue à l'œil nu, en comparant la bande de positivité à une échelle de notation fournie par le fabricant f Citation f. Alere Determine® TB LAM Ag (Alere Inc, Waltham, MA, USA). Pour plus d'informations : 
    https://stoptb.org/wg/gli/assets/documents/LF-LAM_MASTER_FR_web.pdf         .

     

    Utiliser ce test pour le diagnostic de la TBP et TBEP chez les enfants et adultes infectés par le VIH. Il peut contribuer à la réduction de la mortalité liée à la TB chez ces patients [15] Citation 15. World Health Organization. WHO consolidated guidelines on tuberculosis. Module 3: Diagnosis - rapid diagnostics for tuberculosis detection, 2021 update. Geneva 2021.
    https://www.who.int/publications/i/item/9789240029415         grâce à l’obtention rapide de résultats.

     

    Les performances du test LF-LAM dépendent du niveau individuel d'immunodépression au moment du test. Il manque de sensibilité mais a une spécificité acceptable (voir ci-dessous).

     

    Le test LF-LAM est recommandé pour les groupes de patients suivants [16] Citation 16. World Health Organization. Lateral flow urine lipoarabinomannan assay (LF-LAM) for the diagnosis of active tuberculosis in people living with HIV. Policy update 2019. Geneva: World Health Organization; 2019.
    https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/329479/9789241550604-eng.pdf?sequence=1&isAllowed=y&ua=1         :

    • Patients infectés par le VIH présentant des signes et symptômes de TB ou gravement malades g Citation g. Gravement malade : fréquence respiratoire > 30/minute, température > 39 °C, fréquence cardiaque > 120/minute et incapacité à marcher sans aide. , quel que soit le taux de CD4 (sensibilité : 35% ; spécificité : 95%).
    • Patients hospitalisés au stade avancé de l'infection par le VIH h Citation h. Pour les enfants > 5 ans et les adultes : CD4 < 200 cellules/mm3 ou stade clinique 3 ou 4 de l'OMS. Tous les enfants < 5 ans sont considérés comme étant à un stade avancé de l'infection par le VIH. (sensibilité : 64% ; spécificité : 82%).
    • Patients infectés par le VIH traités en ambulatoire, avec un taux de CD4 < 100 cellules/mm3 (sensibilité : 40% ; spécificité : 87%).

     

    Si le test LF-LAM est positif : un traitement antituberculeux doit être instauré i Citation i. Les patients infectés par le VIH dont le diagnostic de TB a été établi par un LF-LAM doivent être enregistrés comme des cas de TB bactériologiquement confirmés. .
    Un résultat négatif n'exclut pas la TB en raison de la faible sensibilité du test. Le test ne fournit pas d'informations sur la sensibilité aux médicaments. Par conséquent, tous les patients listés ci-dessus doivent être testés avec un RMT, que le résultat du LF-LAM soit positif ou négatif. 

    3.1.9 Imagerie médicale

    Radiographie

    La radiographie pulmonaire (RP) est utilisée pour :

    • Détecter les anomalies évocatrices de TBP et d'autres localisations intrathoraciques de la TB (pleurale, péricardique, miliaire).
    • Évaluer la sévérité des lésions intrathoraciques.

    Elle est particulièrement utile pour diagnostiquer une PTB chez l’enfant (Chapitre 4).

     

    Pour la TBP, la sensibilité de la RP est plus élevée que celle de la symptomatologie [17] Citation 17. World Health Organization. Chest radiography in tuberculosis detection – summary of current WHO recommendations and guidance on programmatic approaches. I. World Health Organization, 2016.
    https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/252424/9789241511506-eng.pdf;jsessionid=8552A4DE3F2B289132DA4342DBD962F9?sequence=1         : il est peu probable qu’un patient ayant une RP normale ait une TBP. Pour cette raison, la RP peut également être utilisée comme outil de dépistage (Chapitre 6) et de triage, pour identifier les patients avec symptômes respiratoires éligibles à un TMR.

     

    La RP est également utilisée pour :

    • Évaluer la réponse au traitement antituberculeux.
    • Rechercher d’éventuelles complications en cas d’aggravation des symptômes respiratoires (pneumothorax, sténose trachéale, etc.).

     

    La RP a plusieurs limites :

    • Faible spécificité : à l'exception des cavernes ou de la miliaire tuberculeuse qui sont spécifiques de la TB, les autres anomalies observées à la radiographie peuvent être dues à d'autres pathologies pulmonaires.
    • Qualité variable, en fonction de plusieurs facteurs :
      • équipement et consommables
      • positionnement (il est difficile d'obtenir un cliché de qualité chez l’enfant)
      • formation et compétence des lecteurs
    • Difficulté à distinguer lésions actives et lésions cicatricielles
    • Taux d'erreur d’environ 20% [18] Citation 18. World Health Organization. Koppaka R, Bock N. How reliable is chest radiography? In: Frieden T, editor. Toman’s tuberculosis: case detection, treatment, and monitoring. Questions and answers, second edition. Geneva: World Health Organization; 2004. p. 51-60. https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/42701/9241546034.pdf?sequence=1 (sous/surinterprétation des clichés par des spécialistes)

     

    Si disponible, la RP numérique présente des avantages par rapport à la RP argentique :

    • Qualité constante
    • Facilité d’archivage des clichés
    • Pas de réactifs ni de films
    • Transmission rapide pour téléconsultation et avis spécialisé
    • Résultats immédiats, possibilité de dépister rapidement un grand nombre de personnes
    • Réduction de l'exposition aux rayons pour le personnel et les patients

     

    L'interprétation de la RP numérique peut être assistée par les logiciels de détection assistée par ordinateur (DAO). La DAO analyse les RP pour détecter des anomalies compatibles avec la TBP, divisant les images en « normales » et « anormales » et réduisant ainsi le nombre de RP devant être lues par un clinicien. La DAO est aussi sensible qu'un radiologue [19] Citation 19. World Health Organization. Rapid communication on systematic screening for tuberculosis. Geneva; 2020. https://www.who.int/publications/i/item/rapid-communication-on-the-systematic-screening-for-tuberculosis .

     

    L’interprétation de la RP assistée par ordinateur aide les cliniciens lorsque toutes les RP ne peuvent être lues par un radiologue.
    Toutefois, un radiologue doit être consulté localement ou via la télémédecine pour interpréter les RP complexes (p. ex. chez l’enfant).

     

    La radiographie osseuse est utilisée pour diagnostiquer et évaluer la sévérité de la TB osseuse et/ou articulaire et pour évaluer la réponse au traitement.

    Échographie

    L'échographie (y compris l'échographie au lit du patient, POCUS) peut être utile pour le diagnostic de :

    • TBP : une consolidation pulmonaire peut renforcer une suspicion de TBP.
    • TBEP : si suspicion d'épanchement pleural/péricardique ou de TB abdominale chez l'enfant et l'adulte, en particulier immunodéprimé (p. ex. infection par le VIH, malnutrition).

     

    Tableau 3.8 – Résultats d'imagerie médicale évocateurs de TB

     

    Sites

    Résultats

    TB pulmonaire

    Enfants

    Voir Chapitre 4.

    Adolescents et adultes

    La RP peut montrer :

    • Infiltrats en général dans le segment apical et postérieur des lobes supérieurs et les segments supérieurs des lobes inférieurs.
    • Cavernes (spécifiques à la TB), consolidations inégales et mal définies.

    Patients TB/VIH

    Comme ci-dessus.

    • En cas d'immunodépression avancée : les infiltrats ont tendance à être plus homogènes, diffus et localisés dans les poumons inférieurs.
    • Moins de cavernes que chez les patients non-infectés par le VIH.
    • Adénopathies médiastinales et hilaires possibles.
    • Aspect de miliaire.

    TB miliaire

    La RP peut montrer des nodules miliaires (1 à 3 mm de diamètre) disséminés dans les 2 champs, uniformément répartis dans le poumon.

    Épanchement pleural

    • RP : épanchement (même avec des signes cliniques minimes) :
      • souvent unilatéral
      • oblitération de l'angle costophrénique
      • opacité avec marge supérieure incurvée
    • Échographie : liquide anéchogène sur l'angle costophrénique (peut être échogène en cas d’empyème).

    Épanchement péricardique

     
    • RP : élargissement de la silhouette cardiaque, silhouette « en bouteille d'eau » (si épanchements très importants).
    • Échographie : liquide anéchogène autour du cœur (peut être échogène si purulent).

    TB osseuse et articulaire

     

    La radiographie peut montrer :

    • Os et articulations : ostéopénie (déminéralisation), destruction osseuse avec relative préservation du cartilage.
    • Rachis : destruction d'un disque intervertébral, ostéopénie, irrégularité de la marge osseuse, destruction osseuse, abcès paravertébraux.

    TB abdominale

    L'échographie peut montrer : lymphadénopathie compatible avec une TB (et d'autres maladies, en particulier l'infection par le VIH), épaississement de la paroi intestinale (région iléo-cæcale), micro-abcès hypoéchogènes du foie et/ou de la rate, ascite.

     

    Remarques :

    • Les résultats d’imagerie médicale ne sont pas spécifiques pour la TBEP. Un diagnostic différentiel doit toujours être envisagé.
    • Chez les patients infectés par le VIH dans les régions où la prévalence de la TB est élevée, les signes suivants sont fortement évocateurs de TBEP [20] Citation 20. Heller T, Wallrauch C, Goblirsch S, Brunetti E. Focused assessment with sonography for HIV-associated tuberculosis (FASH): a short protocol and a pictorial review. Crit Ultrasound J. 2012 Nov 21;4(1):21.
      https://doi.org/10.1186/2036-7902-4-21             : épanchement pleural/péricardique, hypertrophie des ganglions lymphatiques de l’abdomen, micro-abcès spléniques et ascite.
    • Chez les adolescents, les anomalies radiologiques sont en général similaires à celles des adultes mais des anomalies fréquentes chez les enfants, comme des adénopathies hilaires, peuvent être présentes.

    3.1.10 Autres tests sur les tissus et liquides biologiques

    Le diagnostic de TB peut être étayé par des tests biologiques réalisés sur des tissus et liquides biologiques.

     

    Tableau 3.9 – Résultats évocateurs de TB sur les tissus et liquides biologiques

     

    Tissus/liquides

    Résultats

    Ganglions

    Cytologie : tissu granulomateux, présence de cellules géantes de Langhans et/ou nécrose caséeuse.
    Les BAAR ne sont pas toujours retrouvés à l’examen microscopique.

    LCR
    • Liquide clair, hypertendu.
    • Protéines élevés : > 0,40 g/litre (test de Pandy, Annexe 8).
    • Diminution du glucose : < 60 mg/litre.
    • Ratio glycorachie/glycémie : < 0,5.
    • 100 à 1000 globules blancs/mm3 avec plus de 80% de lymphocytes.

    Chez les patients infectés par le VIH, exclure une cryptococcose méningée.

    Ascite
    • Liquide clair, jaune citrin.
    • Exsudat riche en lymphocytes, habituellement > 300 globules blancs/mm3 ; test de Rivalta positif (Annexe 8).
    • Gradient d'albumine entre sérum et ascite : 

    < 1,1 g/dl : compatible avec une TB (et beaucoup d’autres maladies)

    > 1,1 g/dl : TB péritonéale peu probable

    • Adénosine désaminase (ADA) > 39 U/litre probablement dû à une TB [21] Citation 21. Riquelme A, et al. Value of adenosine deaminase (ADA) in ascitic fluid for the diagnosis of tuberculous peritonitis: a meta-analysis. J Clin Gastroenterol. 2006 Sep; 40(8):705-10. .

    Liquide pleural

    • Liquide jaune citrin.
    • Protéines élevées : ≥ 30 g/litre (test de Rivalta, Annexe 8).
    • Riche en globules blancs (1000-2500/mm3), avec prédominance des lymphocytes.
    • ADA généralement > 50 U/litre. Il est beaucoup moins probable qu’un épanchement pleural soit dû à la TB si l’ADA est < 40 U/litre. La spécificité est augmentée lorsque l'ADA est > 50 U/litre et le rapport lymphocytes-neutrophiles > 0,75 [22] Citation 22. Porcel JM. Tuberculous pleural effusion. Lung. 2009 Sep-Oct;187(5):263-70. .

     

    Remarques :

    • Les niveaux d'ADA augmentent dans la TB. L'ADA est donc un marqueur indirect de TB dans le liquide pleural et péritonéal. Bien qu'ils ne soient pas largement disponibles, des kits peuvent être achetés pour effectuer le test si un spectrophotomètre est disponible.
    • La sensibilité de l'ADA dans le liquide péritonéal est plus faible chez les patients atteints de cirrhose.
    • Les niveaux d'ADA peuvent être plus bas chez les patients infectés par le VIH.

     

    Notes
    • (a)Si l’examen microscopique est le seul test diagnostic disponible sur place, les échantillons doivent être envoyés à une structure capable de réaliser des TMR.
    • (b)Pour plus d’informations sur les LPA, voir : Global Laboratory Initiative. Tests d’hybridation inverse sur bandelette pour la détection de la tuberculose pharmaco-résistante. Guide pour l’interprétation et la présentation des résultats destiné au personnel de laboratoire et aux cliniciens.
      http://stoptb.org/wg/gli/assets/documents/LPA_test_French.pdf
    • (c)Pour plus d'information :
      • WHO catalogue of mutations in M. tuberculosis complex and their association with drug resistance: https://www.who.int/publications/i/item/9789240028173
      • Relational Sequencing TB (ReSeqTB) Data Platform: https://c-path.org/programs/cptr/cptr-tools/databases/relational-sequencing-tb-data-platform-reseqtb/
    • (d)Microscopic observation of drug susceptibility (MODS), nitrate reductase assay (NRA), Thin Layer Agar et colorimetric redox indicator (CRI).
    • (e)L'antigène LAM est un composant des parois cellulaires mycobactériennes, libéré par M. tuberculosis puis excrété par le rein.
    • (f)Alere Determine® TB LAM Ag (Alere Inc, Waltham, MA, USA). Pour plus d'informations : 
      https://stoptb.org/wg/gli/assets/documents/LF-LAM_MASTER_FR_web.pdf
    • (g)Gravement malade : fréquence respiratoire > 30/minute, température > 39 °C, fréquence cardiaque > 120/minute et incapacité à marcher sans aide.
    • (h)Pour les enfants > 5 ans et les adultes : CD4 < 200 cellules/mm3 ou stade clinique 3 ou 4 de l'OMS. Tous les enfants < 5 ans sont considérés comme étant à un stade avancé de l'infection par le VIH.
    • (i)Les patients infectés par le VIH dont le diagnostic de TB a été établi par un LF-LAM doivent être enregistrés comme des cas de TB bactériologiquement confirmés.
    • (a)Des mutations dans d'autres gènes peuvent entraîner une résistance aux thionamides, par conséquent, l'absence de mutation inhA n'exclut pas une résistance.
    • (b)Des mutations spécifiques dans gyrA (p. ex. mutations reconnues par les sondes MUT3B, 3C, 3D) sont associées à un niveau élevé de résistance aux fluoroquinolones.
    • (c) Niveau élevé et faible de résistance détecté par gDST et pDST.
    • (d) Rarement disponible dans les contextes où les ressources sont limitées.
    • (e)La plupart des mutations conférant une résistance aux thionamides ne sont pas détectées par les TMR.
    Références
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