Annexe 1. Tests Xpert

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Sommaire

    Mise à jour : Octobre 2022

     

    1.1 Traitement des échantillons

    Le personnel présent lors de la préparation des échantillons doit porter un masque de protection respiratoire (FFP2 ou N95) pour éviter l’inhalation de bacilles.

    Une enceinte de sécurité biologique doit être utilisée pour protéger le personnel des aérosols si une centrifugation est nécessaire (Annexe 6).

    1.1.1 Échantillons de crachats

    Voir la notice du test Xpert MTB/RIF :
    https://www.cepheid.com/Package%20Insert%20Files/Xpert-MTB-RIF-FRENCH-Package-Insert-301-1404-FR-Rev-F.pdf

     

    Voir la notice du test Xpert MTB/XDR :
    https://www.cepheid.com/Package%20Insert%20Files/Xpert%20MTB-XDR%20ENGLISH%20Package%20Insert%20302-3514%20Rev%20C.pdf

    1.1.2 Échantillons de ganglions lymphatiques et autres tissus

    Adapté de l'OMS [1] Citation 1. Organisation mondiale de la Santé. Manuel de mise en œuvre du test Xpert MTB/RIF : guide technique et considérations opérationnelles pratiques. Geneva 2014.
    https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/145682/9789242506709_fre.pdf?sequence=1&isAllowed=y

     

    • Découper l'échantillon en petits morceaux dans un mortier stérile (ou un broyeur de tissus).
    • Ajouter 2 ml de solution saline tamponnée au phosphate (PBS) stérile.
    • Broyer la solution de tissus et de PBS pour obtenir un mélange homogène.
    • Transférer 0,7 ml du mélange dans un tube à centrifuger à l'aide d'une pipette de transfert. Éviter de transférer des morceaux de tissus mal homogénéisés.
    • Ajouter 1,4 ml de réactif pour échantillon Xpert (Xpert Sample Reagent, XSR) à l'aide d'une pipette de transfert.
    • Agiter vigoureusement 10 à 20 fois ou mélanger à l’aide d’un vortex pendant au moins 10 secondes.
    • Maintenir à température ambiante pendant 10 minutes.
    • Agiter vigoureusement 10 à 20 fois ou mélanger à l’aide d’un vortex pendant au moins 10 secondes.
    • Maintenir à température ambiante pendant 5 minutes.
    • Transférer 2 ml du mélange dans la cartouche Xpert à l'aide d'une pipette de transfert.
    • Charger la cartouche dans l'instrument Xpert selon les instructions du fabricant.

    1.1.3 Échantillons de liquide céphalo-rachidien

    Adapté de l'OMS [1] Citation 1. Organisation mondiale de la Santé. Manuel de mise en œuvre du test Xpert MTB/RIF : guide technique et considérations opérationnelles pratiques. Geneva 2014.
    https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/145682/9789242506709_fre.pdf?sequence=1&isAllowed=y

     

    La méthode de traitement du liquide céphalo-rachidien (LCR) dépend du volume disponible pour réaliser le test.

     

    Volume de LCR

    Procédure

    0,1 à 1 ml

    • Ajouter au LCR du XSR pour obtenir un volume final de 2 ml.
    • Transférer 2 ml du mélange dans la cartouche Xpert.
    • Charger la cartouche dans l'instrument Xpert selon les instructions du fabricant.

    1 à 5 ml

    • Ajouter au LCR un volume égal de XSR.
    • Ajouter 2 ml du mélange directement dans la cartouche Xpert
    • Charger la cartouche dans l'instrument Xpert selon les instructions du fabricant.

    > 5 ml

    • Centrifuger le LCR à 3000g pendant 15 minutes.
    • Eliminer le surnageant et ajouter du XSR au sédiment pour obtenir un volume final de 2 ml.
    • Transférer 2 ml du mélange dans la cartouche Xpert.
    • Charger la cartouche dans l'instrument Xpert selon les instructions du fabricant.

     

    Remarque : un volume de LCR inférieur à 0,1 ml est insuffisant pour réaliser le test.

    1.1.4 Échantillons de selles [2] Citation 2. de Haas P, Yenew B, et al. The Simple One-Step (SOS) Stool Processing Method for Use with the Xpert MTB/RIF Assay for a Child-Friendly Diagnosis of Tuberculosis Closer to the Point of Care. J Clin Microbiol. 2021 Jul 19;59(8).
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8373220/

    Les échantillons de selles peuvent être utilisés dans les 3 heures s'ils sont conservés à température ambiante.

    • Ajouter 0,8 à 1 g de selles dans le flacon de 8 ml de XSR.
    • Agiter vigoureusement pendant 30  secondes.
    • Maintenir à température ambiante pendant 10 minutes.
    • Agiter vigoureusement pendant 30  secondes.
    • Laisser sédimenter à température ambiante pendant 10 minutes.
    • Sans perturber le sédiment, transférer 2 ml de surnageant dans la cartouche Xpert.
    • Charger la cartouche dans l'instrument Xpert selon les instructions du fabricant.

    1.1.5 Échantillon d'urine [3] Citation 3. MSF South Africa Medical Unit. SOP: Urine GeneXpert MTB/Rif Assay.
    https://samumsf.org/sites/default/files/2018-01/2.%20Urine%20GeneXpert%20MTB-Rif%20Testing%20SOP_0.pdf

    Les échantillons d'urine peuvent être utilisés dans les 3 heures s'ils sont conservés à température ambiante.

    • Centrifuger 4 ml d'urine à 3000g pendant 5 minutes.
    • Eliminer le surnageant et ajouter 2 ml de XSR au sédiment.
    • Agiter vigoureusement.
    • Transférer 2 ml du mélange dans la cartouche Xpert.
    • Charger la cartouche dans l'instrument Xpert selon les instructions du fabricant.

    1.2 Performances des tests Xpert sur les échantillons autres que les crachats

    Echantillons

    Performances de Xpert MTB/RIF

    par rapport à la culture [4] Citation 4. World Health Organization. WHO consolidated guidelines on tuberculosis. Module 3: diagnosis - rapid diagnostics for tuberculosis detection. 2021 update. Geneva 2021.
    https://www.who.int/publications/i/item/9789240029415

    Biopsie ou suc ganglionnaire

    Biopsie : sensibilité : 82 % ; spécificité : 79%

    Aspiration : sensibilité : 89 % ; spécificité : 86%

    LCR

    Sensibilité : 70% ; spécificité : 97%

    Liquide pleural

    Sensibilité : 50% ; spécificité : 99%

    Liquide péricardique

    Sensibilité : 67,6% ; spécificité : 99,4%

    Aspiration nasopharyngée (suspicion de TBP chez l’enfant)

    Sensibilité : 46% ; spécificité : 100%

    Aspiration gastrique (suspicion de TBP chez l’enfant)

    Sensibilité : 73% ; spécificité : 98%

    Selles (suspicion de TBP chez l’enfant)

    Par rapport à la culture d'échantillons respiratoires :

    • sans infection VIH : sensibilité : 61% ; spécificité : 98%
    • avec infection VIH : sensibilité : 70% ; spécificité : 98%

    Urine (suspicion de TB urogénitale)

    Sensibilité : 85% ; spécificité : 97%

    Urine (suspicion de TB disséminée chez les patients VIH)

    Sensibilité : 40% ; spécificité : 98% [5] Citation 5. World Health Organization. Rapid communication on updated guidance on the management of tuberculosis in children and adolescents. Geneva 2021.
    https://apps.who.int/iris/rest/bitstreams/1365106/retrieve

    Liquide synovial

    Sensibilité : 97% ; spécificité : 94%

    Ascite

    Sensibilité : 59% ; spécificité : 97%

    Sang (suspicion de TB disséminée chez les patients VIH)

    Enfant : sensibilité : 7% ; spécificité : 99% [6] Citation 6. Pohl C, Rutaihwa LK, Haraka F, Nsubuga M, Aloi F, Ntinginya NE, Mapamba D, Heinrich N, Hoelscher M, Marais BJ, Jugheli L, Reither K. Limited value of whole blood Xpert(®) MTB/RIF for diagnosing tuberculosis in children. J Infect. 2016 Oct;73(4):326-35. doi: 10.1016/j.jinf.2016.04.041. Epub 2016 Jul 7. PMID: 27394403.
    https://www.journalofinfection.com/article/S0163-4453(16)30161-X/fulltext

    Adulte : sensibilité : 56% ; spécificité : 94%

     

    Remarque: les performances du test Xpert MTB/XDR sur des échantillons autres que les crachats sont considérées comme similaires à celles du test Xpert MTB/RIF car les tests sont basés sur des technologies similaires. [4] Citation 4. World Health Organization. WHO consolidated guidelines on tuberculosis. Module 3: diagnosis - rapid diagnostics for tuberculosis detection. 2021 update. Geneva 2021.
    https://www.who.int/publications/i/item/9789240029415

    1.3 Aspects logistiques

    Tous les tests Xpert sont réalisés avec le même instrument.
    Le module 10 couleurs peut lire toutes les cartouches Xpert.
    Le module 6 couleurs peut lire les cartouches Xpert MTB/RIF et Xpert MTB/RIF Ultra.

    1.3.1 Energie

    L'instrument demande une alimentation électrique constante et stable.

    Si les coupures sont brèves (moins de 10 minutes), prévoir un UPS « on line » de 1500VA.

    Si les coupures sont longues, le système doit pouvoir supporter un cycle entier (environ 45 minutes). Prévoir un chargeur de batterie, une batterie stationnaire et un stabilisateur de tension.

    1.3.2 Conservation et température de fonctionnement

    Conservation des cartouches et réactifs : entre 2 et 28 °C pendant 12 mois à partir de la date de fabrication.

    Température de fonctionnement de l’instrument Xpert : entre 15 et 30 °C. Envisager l’air conditionné si les conditions climatiques l’exigent.

    1.3.3 Étalonnage

    Les modules Xpert demandent un étalonnage annuel, réalisé par un prestataire de services agréé ou en échangeant les modules. Etablir avec le fournisseur un contrat de vente détaillé et un plan d’assistance garantissant l’entretien, l’étalonnage, la réparation et le remplacement du matériel si nécessaire.

    1.3.4 Espace nécessaire 

    Les dimensions de l'instrument Xpert IV (4 modules permettant le traitement de 4 échantillons simultanément) sont :
    Largeur : 29,8 cm ; hauteur : 35,6 cm ; profondeur : 31,1 cm ; poids : 12 kg.

     

    Il est conçu pour une utilisation en intérieur uniquement. Prévoir au moins 5 cm d'espace libre de chaque côté de l'instrument pour assurer une ventilation adéquate. Ne pas placer l'instrument à proximité des bouches d'aération d'autres instruments ou d’unités de traitement de l'air.

     

    Les dimensions des kits contenant les cartouches et réactifs sont :
    Kit Xpert MTB/RIF 50 tests : 31 cm x 28 cm x 20 cm
    Kit Xpert MTB/XDR 10 tests : 24 cm x 16 cm x 7 cm

    1.3.5 Gestion des déchets

    Même procédure que pour l’élimination des pots à prélèvement de crachats.
    Les tests Xpert génèrent un grand volume de déchets.

     

    Références