Annexe 2. Interprétation des résultats des tests Xpert

Sommaire

Mise à jour : Octobre 2022

2.1 Xpert MTB/RIF et Xpert MTB/RIF Ultra

MTB : M. tuberculosis ; RIF ou Rif ou R : rifampicine ; H : isoniazide

Résultats	Interprétation et décisions
Invalide/Erreur/ Pas de résultat	Réaliser un 2^e test sur un nouvel échantillon.
MTB non détecté	Suspicion de TBP chez l’enfant : réaliser un 2^e test sur un nouvel échantillon (respiratoire ou de selles). Adulte : en fonction du jugement clinique, réaliser un 2^e test et/ou une culture sur un nouvel échantillon.
MTB détecté Résistance Rif non détectée	Réaliser un test Xpert MTB/XDR (ou un LPA ou un pDST) pour détecter une résistance à H (a) Citation a. Si possible pour tous les patients et au moins ceux qui présentent un risque élevé de résistance à H (patients avec antécédent de traitement TB par H ou en contact avec un cas de TB résistant à H ou provenant d'une région où la prévalence de la résistance à H est ≥ 3%). ; adapter le traitement selon le DST.
MTB détecté Résistance Rif détectée	Évaluer les facteurs de risque de résistance à la rifampicine (RR) : Risque élevé de RR (b) Citation b. Patients avec antécédent de traitement TB par R ou en contact avec un cas de TB résistante à R ou provenant d'une région où la prévalence de la résistance à R est élevée. : traiter une TB-MDR/RR. Risque faible de RR (c) Citation c. Patients sans antécédent de traitement TB par R ni contact avec un cas de TB résistant à R et provenant d'une région où la prévalence de la résistance à R est faible. : réaliser un 2^e test (d) Citation d. Un 2^e test est nécessaire car dans une population où la prévalence de la résistance à R est < 5%, la valeur prédictive positive d'un test est < 80%, ce qui signifie que > 20% des résultats indiquant une résistance à R sont de faux positifs. sur un nouvel échantillon. Si le 2^e test montre : Sensibilité à R : traiter une TB-DS. Résistance à R : traiter une TB-MDR/RR. Pour les patients atteints de TB-MDR/RR, réaliser : Un test Xpert MTB/XDR (ou un LPA) et un pDST (et un séquençage du génome si disponible) pour détecter une résistance à d'autres antituberculeux. En cas de résultats discordants avec le pDST (résistance avec Xpert, sensibilité avec pDST), traiter une TB-MDR/RR [1] Citation 1. Organisation mondiale de la Santé. Manuel de mise en œuvre du test Xpert MTB/RIF : guide technique et considérations opérationnelles pratiques. Geneva 2014. https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/145682/9789242506709_fre.pdf?sequence=1&isAllowed=y .
MTB détecté Résistance Rif indéterminée	Xpert MTB/RIF : Réaliser un 2^e test sur un nouvel échantillon. Si le résultat reste « indéterminé », traiter une TB-DS tout en recherchant une possible RR. Réaliser un pDST (ou un autre gDST) pour confirmer ou exclure une RR. Réaliser un test Xpert MTB/XDR (ou un LPA ou un pDST) pour détecter une résistance à H (a) Citation a. Si possible pour tous les patients et au moins ceux qui présentent un risque élevé de résistance à H (patients avec antécédent de traitement TB par H ou en contact avec un cas de TB résistant à H ou provenant d'une région où la prévalence de la résistance à H est ≥ 3%). . Xpert MTB/RIF Ultra : Envoyer une extraction des résultats bruts (fichier gxx) au laboratoire de référence pour identification d'éventuelles mutations (interprétation des courbes de fusion). Si impossible ou si le résultat reste « indéterminé », procéder comme pour un test Xpert MTB/RIF.
MTB détecté « trace » Résistance Rif indéterminée (Xpert Ultra)	Patients ayant une infection par le VIH, enfants et échantillons EP : considérer un résultat « trace » comme positif. Adultes avec antécédent de TB au cours des 5 dernières années : un résultat « trace » ne peut être interprété, réaliser une culture. Aucune interprétation de RR n'est possible. Si suspicion de résistance à R ou à un autre antituberculeux : réaliser un pDST (ou un autre gDST). Adapter le traitement selon le DST. Ne pas réaliser de test Xpert MTB/XDR car le seuil de détection du test Xpert MTB/XDR est supérieur à celui du test Ultra.

2.2 Xpert MTB/XDR

MTB : M. tuberculosis ; RIF : rifampicine ; INH ou H : isoniazide ; FLQ ou FQ : fluoroquinolones ; ETH ou Eto : éthionamide ; AMK : amikacine ; KAN : kanamycine ; CAP : capréomycine

Résultats	Interprétation et décisions
Invalide/Erreur/Pas de résultat	Réaliser un 2^e test sur un nouvel échantillon.
MTB détecté	Après un test Xpert MTB/RIF positif, un résultat « MTB détecté » est attendu car les seuils de détection des tests Xpert MTB/XDR et Xpert MTB/RIF sont similaires.
MTB non détecté Résistance non détectée	Après un test Xpert MTB/RIF positif : réaliser un 2^e test sur un nouvel échantillon. Si le test est toujours négatif, réaliser une culture et un pDST. Après un résultat « trace » avec un test Ultra, un résultat négatif est attendu car le seuil de détection du test Xpert MTB/XDR est supérieur à celui du test Ultra.
MTB détecté Résistance non détectée	Traiter selon le résultat du test Xpert MTB/RIF ou Ultra. Le test n'exclut pas toute résistance (certaines mutations conférant une résistance ne sont pas détectées par le test Xpert MTB/XDR, p. ex. seules 30% des mutations conférant une résistance à Eto sont détectées).
MTB détecté Faible résistance INH détectée Résistance INH détectée Faible résistance FLQ détectée Résistance FLQ détectée Résistance ETH détectée Résistance AMK, KAN et/ou CAP détectée(s)	Évaluer les facteurs de risque de résistance pour chaque médicament : Risque élevé de résistance (e) Citation e. Patients avec antécédent de traitement TB par le médicament ou en contact avec un cas de TB résistante au médicament ou provenant d'une région où la prévalence de la résistance au médicament est élevée. : considérer qu’il y a résistance. Résistance faible à H détectée (mutation inhA et pas de mutation katG) : H^h peut être utilisé mais pas compté comme médicament probablement efficace. Résistance faible aux FQ détectée : Mfx^h peut être utilisée mais pas comptée comme médicament probablement efficace [2] Citation 2. Organisation mondiale de la Santé. Manuel opérationnel de l’OMS sur la tuberculose. Module 4 : traitement - traitement de la tuberculose pharmacorésistante [WHO operational handbook on tuberculosis. Module 4: treatment - drug-resistant tuberculosis treatment]. Genève : Organisation mondiale de la Santé ; 2021. https://www.who.int/fr/publications/i/item/9789240006997 . Une résistance à Eto peut être détectée (mutation inhA) mais un résultat négatif n'exclut pas une résistance. Réaliser un pDST pour détecter une résistance à d'autres antituberculeux. Risque faible de résistance (f) Citation f. Patients sans antécédent de traitement TB par le médicament ni contact avec un cas de TB résistant au médicament et provenant d'une région où la prévalence de la résistance au médicament est faible. : réaliser un 2^e test sur un nouvel échantillon (g) Citation g. Un 2^e test est nécessaire car dans une population où la prévalence de la résistance est < 5%, la valeur prédictive positive d'un test est < 80%, ce qui signifie que > 20% des résultats indiquant une résistance sont de faux positifs. . Si le 2^e test montre : Sensibilité au médicament : utiliser le médicament. Résistance au médicament : considérer qu’il y a résistance (voir « Risque élevé de résistance » ci-dessus).
MTB détecté Résistance indéterminée (h) Citation h. Aucun résultat « indéterminé » n'est donné pour Eto.	Réaliser un 2^e test sur un nouvel échantillon. Si le résultat reste « indéterminé » : traiter avec des antituberculeux probablement efficaces tout en recherchant une résistance avec un pDST (ou un autre gDST, p. ex. LPA deuxième ligne, séquençage du génome).

(a) Si possible pour tous les patients et au moins ceux qui présentent un risque élevé de résistance à H (patients avec antécédent de traitement TB par H ou en contact avec un cas de TB résistant à H ou provenant d'une région où la prévalence de la résistance à H est ≥ 3%).
(b)Patients avec antécédent de traitement TB par R ou en contact avec un cas de TB résistante à R ou provenant d'une région où la prévalence de la résistance à R est élevée.
(c)Patients sans antécédent de traitement TB par R ni contact avec un cas de TB résistant à R et provenant d'une région où la prévalence de la résistance à R est faible.
(d)Un 2^e test est nécessaire car dans une population où la prévalence de la résistance à R est < 5%, la valeur prédictive positive d'un test est < 80%, ce qui signifie que > 20% des résultats indiquant une résistance à R sont de faux positifs.
(e)Patients avec antécédent de traitement TB par le médicament ou en contact avec un cas de TB résistante au médicament ou provenant d'une région où la prévalence de la résistance au médicament est élevée.
(f)Patients sans antécédent de traitement TB par le médicament ni contact avec un cas de TB résistant au médicament et provenant d'une région où la prévalence de la résistance au médicament est faible.
(g)Un 2^e test est nécessaire car dans une population où la prévalence de la résistance est < 5%, la valeur prédictive positive d'un test est < 80%, ce qui signifie que > 20% des résultats indiquant une résistance sont de faux positifs.
(h)Aucun résultat « indéterminé » n'est donné pour Eto.

Références

1.Organisation mondiale de la Santé. Manuel de mise en œuvre du test Xpert MTB/RIF : guide technique et considérations opérationnelles pratiques. Geneva 2014.
https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/145682/9789242506709_fre.pdf?sequence=1&isAllowed=y
2.Organisation mondiale de la Santé. Manuel opérationnel de l’OMS sur la tuberculose. Module 4 : traitement - traitement de la tuberculose pharmacorésistante [WHO operational handbook on tuberculosis. Module 4: treatment - drug-resistant tuberculosis treatment]. Genève : Organisation mondiale de la Santé ; 2021.
https://www.who.int/fr/publications/i/item/9789240006997