Annexe 3. Xpert MTB/RIF


Le test Xpert MTB/RIF est basé sur la PCR semi-nichée en temps réel pour la détection simultanée de M. tuberculosis (MTB) et des mutations du gène rpoB associées à une résistance à la rifampicine.

L’instrument Xpert MTB/RIF automatise tous les aspects de l'analyse PCR en temps réel, avec des résultats disponibles en 2 heures.

3.1 Traitement des échantillons

Le test peut être réalisé sur des échantillons de crachats frais ou sur des échantillons de crachats décontaminés avant mise en culture.

Echantillon de crachats frais

– Demander au patient de se rincer la bouche deux fois avant de recueillir l’échantillon.
– Recueillir au minimum 1,5 ml de crachats de bonne qualité.
– Suivre la procédure ci-dessous :

Procédure Xpert MTB/RIF*

Etape 1



Ajouter le réactif à l'échantillon en respectant un rapport de 2:1 (v/v) et agiter 10 à 20 fois.
Conserver l'échantillon à température ambiante pendant 15 minutes ; pendant l’incubation, agiter de nouveau l'échantillon 10 à 20 fois.

Etape 2

A l’aide d’une pipette, transférer l’échantillon dilué dans une cartouche.

Etape 3

Insérer la cartouche dans la machine et commencer le test.

* Source : National Health Laboratory Services, Afrique du Sud.

A partir d'un échantillon de crachats décontaminé

– Les culots sont préparés selon les procédures standards de décontamination (NALCNaOH) et remis en suspension dans du tampon phosphate.
– S’assurer d’avoir 0,5 ml pour réaliser le test ; ajouter 1,5 ml de réactif pour 0,5 ml de culot remis en suspension.
– Suivre la procédure ci-dessus.

3.2 Interprétation des résultats

La performance du test est assurée par 2 contrôles internes :
– Contrôle du traitement de l'échantillon (CTE) : assure un traitement adéquat et surveille la présence d'inhibition.
– Contrôle de la sonde : vérifie que les étapes des tests se déroulent correctement (réhydratation, remplissage de la cartouche, etc.).

Lorsque le test est terminé, l'écran peut afficher :
– "MTB détecté" exprimée par niveaux (plus le niveau est élevé, plus la quantité de MTB détectée dans l'échantillon est importante) ou "MTB non détecté" ;
– Résultats résistance RIF exprimés en "détecté", "non détecté" ou "indéterminé", uniquement si MTB est détecté.

Autres résultats possibles :
– Non valide : MTB non valide et échec du CTE pour différentes raisons, p.ex. inhibition ;
– Erreur : pas de résultat MTB, pas de résultat CTE, échec du contrôle de la sonde ; échec d'un composant du système ;
– Pas de résultat : p.ex. test interrompu pendant le traitement de l’échantillon.

3.3 Conservation des échantillons et cartouches

Echantillons

– Pour une période ≤ 3 jours : conserver à 35°C maximum. Une chaîne du froid n'est pas indispensable jusqu'à 3 jours après le prélèvement car pendant cette période, la prolifération de la flore normale n'a pas d'impact négatif sur le résultat du test. Toutefois, si une chaîne du froid est disponible, conserver les échantillons entre 2 et 8°C, afin d'améliorer leur conservation.

– Pour une période de 4 à 10 jours : conserver au réfrigérateur entre 2 et 8°C. Si les échantillons sont utilisés pour réaliser d'autres tests (examen microscopique et/ou culture), respecter les conditions de conservation requises en vue d’une microscopie ou culture.
Le CPC n’interfère pas avec le test Xpert MTB/RIF.

Cartouches

– Entre 2 et 28°C.
– Utiliser la cartouche dans les 30 minutes qui suivent l'ouverture du couvercle de la cartouche.
– Les cartouches sont stables 7 jours après l'ouverture de l'emballage.

3.4 Aspects logistiques

Energie

L'instrument GeneXpert demande une alimentation électrique constante et stable.
Prévoir une unité de secours (UPS) de 800 VA pour chaque instrument.

Température de fonctionnement

La température ambiante recommandée pour le fonctionnement de l’instrument GeneXpert est de 15 à 30°C maximum. Envisager l’air conditionné pour maintenir la température dans les limites recommandées par le fabricant si les conditions climatiques l’exigent.

Etalonnage

Les modules GeneXpert requièrent un étalonnage annuel, qui doit être réalisé par un prestataire de services autorisé ou en échangeant les modules. Négocier avec le fournisseur un contrat de vente détaillé et un plan d’assistance garantissant l’entretien, l’étalonnage, la réparation et le remplacement du matériel (si nécessaire).

Péremption des cartouches et réactifs

12 mois à compter de la date de production.

Espace nécessaire pour le stockage

Chaque kit contient 10 cartouches et tous les réactifs nécessaires pour réaliser 10 tests.
Le kit a les dimensions suivantes : 27 x 20 x 17 cm ; poids : 800 g.

Espace nécessaire au laboratoire

L'instrument GeneXpert IV (4 modules permettant le traitement de 4 échantillons simultanément) a les dimensions suivantes :
29,8 cm de large ; 35,6 cm de haut ; 31,1 cm de profondeur ; poids : 12 kg.
Il est conçu pour une utilisation à l’intérieur de locaux.
Prévoir au moins 5 cm de dégagement de chaque côté de l'appareil pour assurer une ventilation adéquate.
Ne pas placer l'instrument près des bouches de ventilation d'autres instruments ou unités de traitement d'air.

Sécurité

Mêmes mesures de protection personnelle que pour la microscopie, y compris port de gants et de masques de protection respiratoire.

Gestion des déchets

Même procédure que pour l’élimination des pots à prélèvement de crachats. Les tests Xpert MTB/RIF génèrent plus de déchets que la microscopie des crachats.

3.5 Valeurs prédictives pour la détection de la résistance à la rifampicine avec le test Xpert MTB/RIF

La valeur prédictive positive (VPP) est définie comme la proportion de sujets présentant un résultat positif qui sont réellement positifs. Une VPP élevée signifie que lorsque le test donne un résultat positif, ce résultat est très probablement correct. La valeur prédictive négative (VPN) est définie comme la proportion de sujets présentant un résultat négatif qui sont réellement négatifs. Une VPN élevée signifie que lorsque le test donne un résultat négatif, ce résultat est très probablement correct. La VPP et la VPN sont influencées par la prévalence de la maladie dans la population testée.

Valeurs prédictives selon la prévalence de la résistance à la rifampicine

Source : Organisation mondiale de la Santé. Mise en oeuvre rapide du test diagnostique Xpert MTB/RIF1.

Prévalence de la résistance à la rifampicine

VPP

VPN

Vrais positifs*

Faux négatifs*

Faux positifs*

Vrais négatifs*

1%

32,4%

99,9%

9,5

0,5

19,8

970,2

2%

49,2%

99,9%

19

1

19,6

960,4

3%

59,5%

99,8%

28,5

1,5

19,4

950,6

4%

66,4%

99,8%

38

2

19,2

940,8

5%

71,4%

99,7%

47,5

2,5

19

931

6%

75,2%

99,7%

57

3

18,8

921,2

7%

78,1%

99,6%

66,5

3,5

18,6

911,4

8%

80,5%

99,6%

76

4

18,4

901,6

9%

82,4%

99,5%

85,5

4,5

18,2

891,8

10%

84,1%

99,4%

95

5

18

882

11%

85,4%

99,4%

104,5

5,5

17,8

872,2

12%

86,6%

99,3%

114

6

17,6

862,4

13%

87,7%

99,2%

123,5

6,5

17,4

852,6

14%

88,5%

99,2%

133

7

17,2

842,8

15%

89,3%

99,1%

142,5

7,5

17

833

20%

92,2%

98,7%

190

10

16

784

25%

94,1%

98,3%

237,5

12,5

15

735

* Comparaison de la sensibilité (95%) et de la spécificité (98%) de la détection de la résistance à la rifampicine avec le test Xpert MTB/RIF, par rapport à une méthode de référence (culture).