Annexe 3. Recueil, conservation et expédition d’échantillons respiratoires

Mise à jour : Septembre 2023

 

3.1 Recueil d’échantillons respiratoires

Le personnel (et l’accompagnant si nécessaire) présent lors du recueil de crachats ou de tout autre échantillon respiratoire doit porter un masque de protection respiratoire (FFP2 ou N95) pour éviter l’inhalation de bacilles.

 

Lorsque qu’un patient ne peut cracher spontanément, des échantillons respiratoires peuvent être obtenus par induction d’expectoration (chez l’enfant et l’adulte) ou par aspiration nasopharyngée ou gastrique (chez l’enfant uniquement). Ces procédures doivent être réalisées sous surveillance médicale étroite et uniquement si l'échantillon est destiné à la réalisation de tests moléculaires, culture ou séquençage du génome. Elles doivent être préalablement bien expliquées au patient et à l’accompagnant.

 

Les spécimens sont collectés dans des récipients spécifiques :

• Pot à prélèvement de crachats a Citation a. Pot à prélèvement de crachats : plastique, couvercle à vis, usage unique, non stérile, sans additif. pour les crachats obtenus spontanément ou induits
• Tube conique b Citation b. Tube à fond conique : polypropylène, couvercle à vis, stérile, sans additif. pour les échantillons obtenus par aspiration

Les récipients contenant les échantillons doivent être étiquetés avec le nom ou numéro d'identification du patient ainsi que la date, l’heure et le lieu du prélèvement.

3.1.1 Nombre d’échantillons requis

Expectoration spontanée : 2 échantillons

• Tests moléculaires rapides (TMR) : collecter 2 échantillons sur place. Le TMR est réalisé sur le meilleur échantillon. Le deuxième échantillon est utilisé s’il est nécessaire de refaire le TMR. Si le patient ne fournit qu'un seul échantillon et qu’il faut refaire le TMR, prélever un nouvel échantillon.
• Microscopie : collecter le premier échantillon sur place. Le deuxième échantillon est collecté de préférence le lendemain matin c Citation c. La concentration de bacilles est plus élevée dans les crachats du matin ce qui améliore la détection des BAAR. , au réveil et avant de manger, par le patient lui-même qui l’apporte au laboratoire. À défaut, collecter les 2 échantillons sur place à une heure d'intervalle.
• Culture et tests phénotypiques de sensibilité aux médicaments (pDST) : collecter les 2 échantillons sur place. Les 2 échantillons sont mis en culture. Le deuxième échantillon est cultivé par précaution, c.-à-d. en cas de contamination ou de culture négative du premier échantillon.
• Séquençage du génome : collecter les 2 échantillons sur place. Le deuxième échantillon est utilisé s’il n’y a pas assez d'ADN dans le premier.

 

Expectoration induite : collecter 2 échantillons au cours de la même session si possible. La procédure étant invasive, si un seul échantillon a été obtenu, ne pas répéter la procédure pour en obtenir un deuxième.

 

Aspiration nasopharyngée ou gastrique : collecter un seul échantillon.

3.1.2 Qualité des échantillons

La qualité de l'échantillon détermine la fiabilité du résultat. Un volume minimum d’échantillon est requis pour réaliser les examens. L'échantillon doit contenir des matières mucoïdes ou purulentes.

Critères de rejet : salive (liquide aqueux) et échantillons contenant des débris alimentaires.

3.1.3 Expectoration spontanée

Réaliser le prélèvement à l’extérieur si possible, à l’air libre et à l’écart des autres personnes.

Matériel

• Gants
• Pot à prélèvement de crachats préalablement étiqueté

Technique

• Demander au patient de se rincer la bouche avec de l'eau.
• Donner au patient le pot à prélèvement de crachats.
• Réaliser un clapping d’une à 2 minutes si nécessaire.
• Demander au patient d’inspirer profondément, de retenir sa respiration quelques secondes puis d’expirer. Recommencer 2 à 3 fois puis tousser : les crachats proviennent des poumons et sont expulsés lors de la toux.
• Recueillir au moins 2 ml de crachats et fermer le récipient hermétiquement.
• Si l'échantillon est prélevé à domicile, s'assurer que le patient a compris la procédure, y compris la fermeture hermétique du récipient après le recueil des crachats.
• Prélever un nouvel échantillon si le premier n’est pas satisfaisant.

3.1.4 Expectoration induite

Le patient doit être surveillé sur le plan respiratoire (y compris SpO₂) pendant la procédure et les 15 minutes qui suivent. Avoir de l’oxygène à portée de main (risque de bronchospasme).

Matériel

• Gants
• Pot à prélèvement de crachats préalablement étiqueté
• Masque et tuyau pour nébuliseur
• Chambre d’inhalation avec masque de différentes tailles (à stériliser entre chaque patient)
• Chlorure de sodium hypertonique 3 à 6% stérile (inducteur d'expectoration)
• Chlorure de sodium 0,9% stérile (pour l’échantillon)
• Salbutamol aérosol-doseur
• Oxymètre de pouls et oxygène  

Technique

Le patient doit être à jeun depuis au moins 2 heures pour réduire le risque de vomissements et d'inhalation.

• Installer confortablement le patient. Pour un jeune enfant, le placer en position assise dans les bras d'un adulte.
• Donner au patient le pot à prélèvement de crachats.
• Administrer 200 microgrammes (2 bouffées) de salbutamol par l’intermédiaire d’une chambre d’inhalation, 10 minutes avant la nébulisation.
• Remplir le nébuliseur avec 5 ml de solution stérile de chlorure de sodium hypertonique 3 à 6%.
• Placer le masque du nébuliseur sur la bouche du patient.
• La nébulisation dure jusqu’à ce que le réservoir soit vide.
• Encourager le patient à tousser et à cracher à tout moment s'il en ressent le besoin.
• Recueillir au moins 2 ml de crachats et fermer le récipient hermétiquement.
• Arrêter la procédure si le patient ne parvient pas à cracher dans les 15 minutes.

3.1.5 Aspiration nasopharyngée

Matériel

• Gants
• Sonde d’aspiration (CH6 pour les enfants de 1 à 11 mois ; CH8 pour les enfants de 1 à 10 ans)
• Seringue de 50 ml ou équipement électrique pour aspiration
• Chlorure de sodium 0,9% stérile
• Récipient pour échantillon préalablement étiqueté

Technique

L’enfant doit être à jeun depuis au moins 2 heures pour réduire le risque de vomissements et d'inhalation.

• Réaliser un clapping d’une à 2 minutes si nécessaire.
• Nettoyer les fosses nasales avec du chlorure de sodium 0,9%.
• Allonger l’enfant sur le dos ou sur le côté.
• Lubrifier l'extrémité de la sonde d’aspiration.
• Mettre 2 gouttes de chlorure de sodium 0,9% dans chaque narine.
• Mesurer la distance entre l’extrémité du nez et l'angle de la mâchoire. Celle-ci représente la profondeur à laquelle la sonde doit être insérée. Insérer doucement la sonde à cette profondeur, sans aspirer.
• Une fois la sonde dans le nasopharynx postérieur, aspirer avec la seringue de 50 ml ou l'aspirateur électrique d Citation d. Si un aspirateur électrique est utilisé, la pression d'aspiration doit être de 80 à 100 mmHg pour les enfants de 1 à 11 mois ; 100 à 120 mmHg pour les enfants de 1 à 10 ans. et retirer lentement la sonde en aspirant.
• Recueillir 2 à 3 ml de sécrétions respiratoires. Si insuffisant (< 2 ml), remettre 2 gouttes de chlorure de sodium 0,9% dans chaque narine puis aspirer dans l'autre narine.
• Fermer le récipient hermétiquement.

3.1.6 Aspiration gastrique

Matériel

• Gants
• Sonde nasogastrique (CH6 pour les enfants de 1 à 11 mois ; CH8 pour les enfants de 1 à 10 ans).
• Seringue de 50 ml
• Eau stérile
• Récipient pour échantillon préalablement étiqueté

Technique

L’enfant doit être à jeun depuis 4 à 8 heures. En pratique, l'échantillon doit être prélevé tôt le matin afin de recueillir les crachats déglutis pendant la nuit.

• Placer l’enfant en position assise dans les bras d'un adulte.
• Poser une sonde nasogastrique et vérifier son emplacement.
• Aspirer avec la seringue de 50 ml.
• Recueillir 5 à 10 ml de liquide gastrique. Si insuffisant (< 5 ml), rincer l'estomac avec 10 ml d'eau stérile et aspirer à nouveau.
• Fermer le récipient hermétiquement.
• Mettre en culture dans les 4 heures qui suivent le recueil de l’échantillon. Neutraliser avec 100 mg de bicarbonate de soude si les délais sont supérieurs à 4 heures.

3.2 Inactivation des échantillons

Deux méthodes peuvent être utilisées pour inactiver les échantillons :

• Ajouter de l'éthanol 90 ou 95% à l'échantillon pour atteindre une concentration finale de 70%. Laisser reposer jusqu’au lendemain. Transférer 1 ml du mélange dans un tube de 2 ml.
• Immerger l’échantillon 20 minutes dans un bain-marie à 80 °C.

Ces procédures peuvent être réalisées dans une pièce bien ventilée ou en utilisant un poste de travail ventilé (Annexe 6).

 

Les échantillons inactivés peuvent être utilisés pour réaliser un séquençage de Sanger et un séquençage ciblé. Ils ne peuvent pas être utilisés pour réaliser des cultures, pDST ou un séquençage du génome entier. 

3.3 Conservation des échantillons

Si les tests ne sont pas réalisés immédiatement ou sur le site de prélèvement, les échantillons doivent être conservés à l'abri de la lumière. Les conditions de conservation varient selon le test à réaliser.

Échantillons non-inactivés

• Pour les TMR : conserver entre 2 et 8 °C. Réaliser le test dès que possible et dans les 7 jours. S'ils sont conservés à 35 °C maximum, réaliser le test dans les 3 jours maximum.
• Pour la microscopie : conserver entre 2 et 8 °C. Réaliser le frottis dès que possible et dans les 3 à 4 jours. Les échantillons conservés à température ambiante se liquéfient. Cela rend plus difficile la sélection de matériel muco-purulent.
• Pour les cultures :
  • sur milieu liquide (MGIT) : conserver entre 2 et 8 °C. Mettre en culture dès que possible et dans les 3 à 4 jours.
  • sur milieu solide (LJ) cultivé ≤ 3 jours après le prélèvement : conserver entre 2 et 8 °C. Mettre en culture dès que possible.
  • sur milieu solide (LJ) cultivé > 3 jours après le prélèvement : utiliser du chlorure de cétylpyridinium (CPC) pour la conservation de l'échantillon (c.-à-d. ajouter un volume égal de CPC à l'échantillon), conserver à température ambiante (entre 20 et 30 °C). Mettre en culture dès que possible et de préférence dans les 7 jours.

Ne pas réfrigérer les échantillons car le CPC cristallise et devient inefficace.

Remarque : le CPC n'est pas compatible avec le MGIT.

• Pour le séquençage ciblé du génome : conserver à température ambiante (toutefois, une conservation entre 2 et 8 °C n’a pas d’impact sur les résultats). Réaliser le test dès que possible et de préférence dans les 4 jours.

Échantillons inactivés

Conserver à température ambiante.

Remarque : les échantillons inactivés peuvent être conservés pendant plusieurs années.

3.4 Expédition des échantillons

Échantillons non-inactivés

Pour les échantillons expédiés vers un laboratoire de référence par avion ou par une compagnie de transport terrestre, utiliser un triple emballage, selon les instructions d’emballage P650 e Citation e. Pour plus d’informations, voir : Guidance on regulations for the transport of infectious substances 2021-2022. Geneva: World Health Organization; 2021.
https://www.who.int/publications/i/item/9789240019720 :
1. Récipient primaire (contenant l'échantillon f Citation f. Si l’échantillon a été collecté dans un pot à prélèvement de crachat, le transférer dans un tube conique en cas d’expédition. ) : tube stérile conique étanche, fermé hermétiquement, étiqueté avec nom et numéro d'identification du patient, date, heure et lieu de prélèvement.

2. Emballage secondaire (pour protéger le récipient primaire) : boîte ou sachet en plastique étanche, fermé hermétiquement. Le récipient secondaire contient du matériel absorbant en quantité suffisante pour envelopper le récipient primaire et absorber la totalité de l'échantillon en cas de fuite ou de rupture du tube.

3. Emballage extérieur/tertiaire (pour protéger l’emballage secondaire) : boîte en carton rigide portant le pictogramme UN 3373 - Substances biologiques de Catégorie B.

L'emballage extérieur doit comporter les informations suivantes :

• Nom, adresse complète et numéro de téléphone du laboratoire destinataire, ainsi que nom et numéro de téléphone de la personne à qui l'échantillon est envoyé.
• Nom, adresse complète et numéro de téléphone de l'expéditeur.

Les échantillons conservés entre 2 et 8 °C doivent être expédiés en chaîne de froid en utilisant un triple emballage isotherme.

Échantillons inactivés

Les échantillons peuvent être expédiés à température ambiante sans triple emballage ni étiquetage UN.

Si les échantillons sont inactivés à l'éthanol, le volume d'éthanol 70% ne doit pas dépasser 1 ml par tube de 2 ml et 100 ml par emballage (l'éthanol est considéré comme un produit dangereux).

 

Tout échantillon inactivé ou non doit être accompagné du formulaire de demande d’examen correspondant (Annexe 34 et Annexe 35).